Встреча Агапия с Дорофеем, возможно, побудила Дорофея написать первое (?) письмо к прп. Никодиму, которое, однако, не попало в руки адресата. Вслед за тем, не позднее 15 июня 1791 г., было написано еще одно письмо, которое Никодим получил, но которое, как и предыдущее, не сохранилось. Дорофей извещал Никодима о своих первых замечаниях касательно книги, в частности поднимал вопрос о нумерации правил Карфагенского собора; именно этот вопрос впоследствии вызвал прения между Дорофеем и Никодимом. К сожалению, различие намерений и убеждений привело к тому, что между ними начало расти недоверие. Это видно из того, как решался вопрос о пересылке прп. Никодиму рассмотренной копии «Пидалиона», которая находилась у Дорофея. То ли рецензент хотел сам наблюдать за внесением исправлений, ощущая всю тяжесть ответственности перед Синодом, то ли он считал, что центральное положение Константинополя (а он всегда хотел, чтобы прп. Никодим переехал туда) облегчит работу над исправлением, – но он колебался пересылать книгу преподобному. Это выражалось в его противоречивых ответах своим собеседникам: прп. Никодиму он обещал переслать книгу, а Агапию говорил, что книгу «оставил себе», «чтобы заняться ею и исправить» «косноязычные высказывания» Никодима, а также сделать прибавления и исправления в тексте, о которых сам Никодим письменно сообщал ему (письмо, однако, не сохранилось).
Из переписки прп. Никодима с Дорофеем следует, что в совместной работе над исправлением «Пидалиона» возникли первые трудности, которые навели Дорофея на тяжелые размышления. «Вас там, – пишет он, – а меня тут, вас в одном отношении, а меня, в свою очередь, в другом исправляют». Прп. Никодим пытался убедить рецензента не быть слишком настороженным и не опасаться, что с его стороны вследствие интриг может быть проявлено какое-нибудь лицемерие и коварство. В письме он говорит: «Если же существуют какие-то опасения, как бы я не внес в книгу нечто чуждое и далекое от правомыслия, то, во-первых, я молю Бога, чтобы Он никогда не попустил мне дойти до мысли о таком, а затем и я лично ручаюсь вам в том, что, если желаете, книга будет отослана к вам обратно после рассмотрения, где бы вы ни находились. Я не столь бесчестен и коварен и не дай Бог мне дойти до такого безрассудства».
Прп. Никодим настоятельно побуждал Дорофея ускорить рассмотрение книги и заручиться разрешением Синода на ее напечатание, потому что он боялся, как бы работа над книгой не осталась безрезультатной из-за некоторых возникших перед ними препятствий, неизвестных нам. Ради того чтобы отклонить любое сомнение в правильности книги или чтобы преодолеть все препятствия к ее выходу в свет, прп. Никодим ссылается на авторитет отцов, богомудрые писания которых содержатся в этом новом каноническом сборнике, и покорно обращается к Дорофею за помощью. Об этом прп. Никодим писал 15 июня 1791 г.: «Поэтому-то я припадаю к твоим стопам, словно беспомощный младенец, и, обращая свои взоры к тебе как к изваянному образу Христа, подобно тому как обращают свои очи рабы и рабыни на руки господ своих (см. Пс. 122:2), и касаясь рук и ног и края твоего одеяния, из глубины души с сокрушенным сердцем молю, чтобы ты получил, наконец, от Синода разрешение на издание, чтобы ты положил счастливый конец тому делу, которое взял на себя ради Бога, положил конец так, как возлагают золотой венец или кровлю на здание. Прошу тебя, не откладывай на завтра, не допускай задержек и отсрочек, ведь будущее невидимо и неизвестно, не подвергай бесчестию в этом отношении свое имя, ибо многие начнут говорить, что дидаскал кир Дорофей взялся за дело, но его не завершил и, начав строить, не мог окончить, как говорится в евангельской притче о башне. Итак,
