Но вернемся немного назад. Принц Дороджатун короновался на трон Джокьякарты 18 марта 1940 года в возрасте 28 лет, через несколько месяцев после смерти отца — султана Хаменгкубувоно VIII. За несколько месяцев до этого будущего султана вызвал из Голландии его больной отец. В Голландии принц Дороджатун окончил экономический факультет Лейденского университета. Вскоре после его возвращения на родину японские войска оккупировали Яву (в марте 1942 года). Когда японцы вошли в Джокьякарту, молодой султан демонстративно надел генеральский мундир голландской армии и, как свидетельствует история, отказался сотрудничать с японскими оккупационными войсками. После смерти патиха (премьер-министра) в 1945 году султан сам стал заниматься административными вопросами султаната. Это был беспрецедентный случай в яванской истории. Хаменгкубувоно IX провел различные преобразования в своих владениях. Он значительно уменьшил число служащих кратона, упростил дворцовые ритуалы, открыл возможность представителям всех сословии служить в кратоне.
Султан решительно поддержал объявление независимости Индонезии 17 августа 1945 года. По предложению султана столица Республики Индонезии в январе 1946 была перенесена из Джакарты в Джокьякарту. В том же году президент Сукарно утвердил Хаменгкубувоно IX главой султаната, а сам султан вскоре упразднил название «султанат», объявив Джокьякарту «особой областью». В декабре 1948 года голландцы, вернувшиеся в Индонезию с помощью англичан, вероломно захватили Джокьякарту, арестовали руководителей республики, включая президента Сукарно. Голландские войска окружили кратон, где находился султан Хаменгкубувоно IX. Командование голландских войск предложило султану вступить в переговоры. Но Хаменгкубувоно согласился дать голландцам только десятиминутную аудиенцию, решительно заявив, что вступит в переговоры лишь после того, как голландские войска покинут Джокьякарту. Голландцы предложили султану встать во главе «Великого Матарама», который бы включал в себя все четыре центральнояванских султаната, но Хаменгкубувоно отверг это предложение. В 1950 году, после создания унитарной Республики Индонезии, бывшие владения султана были объединены с владениями его родственника принца Пакуалама VIII в единую Особую область Джокьякарта на правах провинции. Пакуалам стал заместителем главы Особой области, а с 5 декабря 1977 года султан Хаменгкубувоно IX и принц Пакуалам назначены соответственно пожизненным губернатором и вице-губернатором и Особой области Джокьякарта.
