Священники из кафедрального собора, вместе с Орнатским и Аржановским совершавшие предписанное Церковным Уставом помазание почившего елеем, удивились его крайнему истощению: от тела остались только одни кости. Помазав его, священники облачили тело в белые священнические одежды, на голову возложили митру. Большой колокол Андреевского собора торжественно-печально зазвонил, оповещая кронштадтских жителей о великой утрате.
На другой день, 21 декабря в 9 часов утра, в квартире покойного, четыре архиерея и множество священников совершили панихиду, после чего тело отца Иоанна под печальный звон колоколов всех городских церквей перенесли в кафедральный собор, к тому времени уже переполненный, как и все окрестные улицы и площади. Несметные толпы народа со всей России, особенно из Петербурга и Москвы, стекались в Кронштадт. В течение целого дня и ночи народ непрерывно шел, чтобы зажечь свечу и поцеловать святую руку почившему. Многие плакали: «Зашло наше солнышко. На кого ты нас покидаешь, родной батюшка? Кто поможет теперь сиротам?»
В тот же день была отслужена панихида и по матери отца Нонна – старице Феодоре в усыпальнице ее, на Троицком кладбище Кронштадта.
Предстоял долгий путь перенесения тела отца Иоанна в Иоанновский женский монастырь в Петербурге: сначала из
Кронштадта, прямо по льду Финского залива, до станции Ораниенбаум, а там по железной дороге до Балтийского вокзала. В Петербурге погребальный путь пролегал по Вознесенскому проспекту, мимо Исаакиевского собора, Синода и Сената, императорского Зимнего дворца, по набережной реки Невы, по Троицкому мосту и Каменноостровскому проспекту.
Духовенство с иконами, крестами, церковными хоругвями, военные со знаменами, многотысячный народ сопровождали колесницу с гробом почившего пастыря.
Даже лютеранская церковь на берегу моря почтила память дорогого покойника продолжительным погребальным звоном.
Сестры Иоанновского монастыря со слезами встретили гроб с телом усопшего. Духовный сын отца Иоанна, епископ Архангельский Михей, с сорока священниками и диаконами служили парастас, который продолжался до 12 часов ночи, а затем петербургские жители были допущены к прощанию с отцом Иоанном. Всю ночь шел народ, чтобы поцеловать руку почившего пастыря. Утром митрополит Петербургский Антоний отслужил литургию, в конце которой известный проповедник протоиерей Философ Орнатский произнес слово, несколько раз прерываемое рыданиями, и сам он плакал.
