В отпевании приняли участие около 60 священников и 20 диаконов, еще столько же священнослужителей присутствовали как простые богомольцы: они не могли служить, так как не хватало облачений.
После умилительного отпевания и трогательного последнего прощания священнослужители на руках отнесли гроб с телом почившего из собора в маленькую церковь-усыпальницу, посвященную святым Пророку Илии и царице Феодоре – святым покровителям родителей отца Иоанна.
Здесь, справа от царских врат, была приготовлена могила из белых мраморных плит высотой около полуметра от пола. 23 декабря, в 2 часа 15 минут, гроб с телом отца Иоанна был опущен в эту могилу, которую покрыли мраморной плитой и зацементировали.
5 февраля 1909 года в монастыре состоялось служение единоверцев. Позднюю литургию совершил Преосвященный Кирилл, епископ Гдовский, благочинный всех петербургских единоверческих церквей, по особому единоверческому чину.
К гробнице отца Иоанна скоро стали стекаться паломники со всей России ради духовной помощи и утешения.
Святейший правительствующий Синод постановил ежегодно в день кончины отца Иоанна, 20 декабря, совершать во всех храмах литургии и панихиды. В духовных учебных заведениях была учреждена стипендия его имени; во все помещения актовых залов духовных учебных заведений разосланы портреты отца Иоанна. Кроме того, Синод поручил Учебному комитету при Святейшем Синоде внести в программы духовных учебных заведений ознакомление воспитанников с биографией и пастырско-просветительной деятельностью отца Иоанна. Были учреждены училища имени почившего пастыря в Архангельске и Житомире.
Иоанно-Богословский женский монастырь в Петербурге был возведен в первоклассный женский монастырь.
Журнал «Душеполезное чтение» написал следующие слова о кончине этого великого молитвенника: «Жизнь отца Иоанна была глубоко интересна и поучительна. Он был отец народа, печальник о скорбящих, учитель заблуждающихся, настоящий пастырь Христов. Вот к чьему могильному холму не зарастет народная тропа».
Народ любил и высоко почитал отца Иоанна. Не было в России дома, где бы о нем не знали. А.П.Чехов, описывая свою поездку на Сахалин, заметил: «В какой бы дом я ни заходил, я везде видел на стене портрет отца Иоанна Кронштадтского». Это был пастырь и великий молитвенник, на которого с надеждой были обращены взоры всего православного народа.
Не забыли отца Иоанна и на его родине – далеком Севере. В 1915 году, когда освящали прекрасный собор в Иоанно-Богословском Сурском монастыре Архангельской епархии, один из пределов оставили неосвященным – в надежде на будущее прославление отца Иоанна и посвящение в честь его имени.
