Осенью 1907 года отец Иоанн был назначен присутствующим в Святейшем Синоде, но из-за тяжелой болезни он ни разу не посетил заседания Святейшего Синода.
Всегда бодрый и неутомимый, отец Иоанн в последние три года своей многотрудной жизни часто болел. «Моя физическая сила истощилась, – писал он в своем дневнике, – но дух мой бодр и горит любовью к моему возлюбленному Жениху – Господу Иисусу Христу… Хочу я видеть безначальную Благость, Светлость, Красоту, бесконечную Премудрость и Силу, создавшую все, все держащую и всем управляющую, но я не готов, не чист сердцем».
9 декабря 1908 года отец Иоанн отслужил последнюю литургию в Андреевском соборе. С этого дня он совсем ослабел, перестал выходить из дома. Ежедневно приходил священник и причащал его, отец Иоанн находил великое утешение в соединении с Господом. Он уже перестал принимать пищу, только пил понемногу святую воду, привезенную из целебного источника преподобного Серафима Саровского.
За 13 или 15 лет, при закладе нового собора в Кронштадте, отец Иоанн как бы предсказывал свою кончину, сказав: «Когда стены нового храма подведут под кровлю, то меня уже не станет». Так оно и случилось.
17 декабря во время прогулки отец Иоанн простудился, и болезнь его осложнилась. Когда вечером в этот день приехала монахиня Ангелина, игуменья Иоанновского монастыря в Петербурге, он спросил: «Какое число сегодня?» «Семнадцатое», – ответила она. «Значит, еще три дня», – сказал отец Иоанн как будто про себя. Через два дня, по просьбе престарелой и больной Елизаветы Константиновны, в их квартире остались на ночь родственники: священник Иоанн Орнатский и Р.Г. Шемякина.
Среди ночи отец Иоанн дрожащей рукой сделал знак, что хочет встать. Его подняли, однако ноги отказали. Его опять положили в постель. Распорядились служить святую литургию раньше обычного – она началась около трех часов утра, и к четырем часам отец Иоанн Аржановский, заменивший больного духовника отца Иоанна, и кафедральный священник отец Иоанн Петровский пришли со Святыми Дарами. Отец Иоанн последний раз причастился, после этого сам вытер уста и некоторое время оставался совершенно спокойным, а потом произнес свои последние слова: «Душно мне, душно», – и знаками пожелал освободиться от излишней одежды, так как был в теплом подряснике. Его просьба была исполнена. Скоро отец Иоанн впал в забытье. Его дыхание было спокойным, но становилось все тише и тише. Отец Иоанн Орнатский начал читать канон на исход души, затем отходную. Когда он окончил чтение, отец Иоанн лежал неподвижно, руки были сложены на груди. Великий пастырь совершенно спокойно предал свой дух Богу. Его глаза, до сих пор закрытые, открылись на миг, и вытекли две слезы. Это были последние слезы великого молитвенника. Его праведная душа завершила путь земного странствования, вынесла тяжелый спасительный крест, вытерпела подвиг, одержала победу и перешла в другой мир, где нет ни болезни, ни печали, ни воздыхания, но жизнь бесконечная. Невольно слезы с рыданием вырвались у очевидцев этого события. Было 7 часов 40 минут утра 20 декабря 1908 года.
