Вне всякого сомнения, отец Философ был готов к такому повороту событий. По воспоминаниям дочерей батюшки Веры Философовны Яворской и Лидии Философовны Рюминой, в момент ареста он был совершенно невозмутим и спокойно последовал за явившимися на квартиру Орнатских чекистами.
В ряде материалов, основанных на устном предании и опубликованных в некоторых периодических изданиях, говорится, что отец Философ был арестован в канун празднования памяти святого пророка Илии – 1 августа 1918 года. Однако, в приведенном ниже официальном документе из Центрального Государственного архива Санкт-Петербурга указана другая дата – 9 августа – день великомученика и целителя Пантелеимона. Это письмо Братства приходских советов города Петрограда и Петроградской епархии (инициатором создания которого был протоиерей Философ Орнатский) председателю Совета комиссаров Северной коммуны Зиновьеву (Апфельбауму).
Есть все основания полагать, что в Братстве хорошо знали точную дату ареста его основателя, настоятеля кафедрального собора северной столицы.
После ареста отца Философа не раз обращались в ЧК его родные и прихожане Казанского собора, но вразумительного ответа о судьбе батюшки и его сыновей из ЧК не последовало. Однажды в сквере у Казанского собора собралось много тысяч православных петроградцев и с пением молитв, с крестами, хоругвями и иконами, все они направились по Невскому проспекту на Гороховую. В ЧК приняли делегацию верующих и уверили в том, что отец Философ скоро будет освобожден.
Вероятнее всего, батюшка и иже с ним убиенные сыновья были расстреляны в первую же ночь после ареста. Чекисты хорошо понимали, какую выдающуюся роль играл отец Философ в противостоянии новой власти. Его непререкаемый авторитет необыкновенно помог сплотить верующих для защиты православных святынь. Неутомимый борец за истину Христову вызывал у богоборцев ненависть и страх. Участь его была предрешена в рамках начинавшегося «красного террора»…
Чтобы избежать народных волнений, чекисты тщательно скрывали факт убийства отца Философа не только от родных дивного пастыря и верующих Петрограда, но даже и от других представителей большевистского режима, почти месяц распространяя ложную информацию о том, что арестованные еще живы и содержатся либо в Крестах, либо в Кронштадте.
Хорошо известно, что в период «красного террора» с осужденными не церемонились. Их практически сразу после ареста вывозили к месту казни и приводили приговор в исполнение…
