В 8.30 вместе с владыкой митрополитом Вениамином прибыл Святейший Патриарх Тихон. Приближается время отхода поезда…
В открытом окне появляется доброе, светлое лицо Патриарха, и он с любовью последний раз благословляет приникший к вагону народ…
Вместе с Патриархом уезжает в Москву владыка митрополит Вениамин. Также поехал проводить Святейшего Патриарха и протоиерей Философ Орнатский» (251).
По возвращении из Москвы отец Философ отдает много сил созиданию пещерного храма во имя священномученика Патриарха Ермогена в Казанском соборе Петрограда. По мысли настоятеля, этот храм должен был увековечить знаменательное, историческое событие – восстановление патриаршества в Церкви Российской и напоминать русским людям о великом подвиге священномученика Патриарха Ермогена, спасшего Отечество в годину лихолетья и от внутреннего нестроения, и от вражеского нашествия.
Все также выступает отец Философ с пламенными проповедями в рабочих районах столицы, призывая всех сплотиться вокруг Матери Церкви в годы нового, тягчайшего лихолетья. Со скорбью о прошлом и настоящем, с надеждой на будущее говорил отец Философ, но звучали его слова, как всегда, живо и проникновенно.
28 июля 1918 года исполнилось 33 года пастырского служения протоиерея Философа Орнатского – 33 года неустанных трудов на ниве Божией с полной отдачей сил во имя спасения ближних, с постоянной готовностью положить «душу свою за други своя» (Ин. 15, 13).
Гонения на Церковь все усиливались, и 29 июля состоялось чрезвычайное епархиальное собрание, обсудившее вопрос «О мерах защиты веры и Церкви ввиду циркуляра Комиссариата Северной области об изъятии из школ предметов религиозного почитания». Собрание единодушно постановило: «обратиться к надлежащим советским властям с требованием о немедленной отмене незаконно изданного товарищем областного комиссара по просвещению Гринбергом распоряжения от 12 июля 1918 года за № 45» (252).
С горячим словом выступил перед собравшимися о. Философ Орнатский. Он напомнил о состоявшемся в январе Крестном ходе в защиту Александро-Невской Лавры и призвал духовенство и мирян епархии провести еще один общегородской Крестный ход с целью противодействия новым антицерковным акциям властей.
Осуществить свой замысел отцу Философу не пришлось. В день памяти великомученика и целителя Пантелеимона, 9 августа 1918 года, протоиерей Философ Николаевич Орнатский вместе с двумя старшими сыновьями, Николаем и Борисом Орнатскими, был арестован богоборческими властями без предъявления каких-либо обвинений (253).