Причина изменений фонемного состава во многих случаях коренится в условиях взаимодействия фонемного состава с акцентуацией данного языка. Классическая компаративистика в ряде случаев отметила роль этого фактора, но внутреннего механизма его воздействия на фонемы не раскрыла. Наиболее ярким примером такого историко-фонетического процесса может служить «закон Вернера».
Датскому исследователю, как известно, удалось связать казавшиеся беспорядочными чередования германских спирантов с местоположением индоевропейского иктуса в слове и тем самым устранить многочисленные исключения из закона германского передвижения согласных, открытого Р. Раском и Я. Гриммом. Как показал Вернер, полученные из индоевропейских глухих смычных (p, t, k) германские спиранты f, þ, h, как и унаследованный из индоевропейского дентальный спирант s, обнаруживают регулярные колебания в зависимости от места индоевропейского иктуса в слове. Так, санскр. pitā́ греч. patḗr ‛отец’ с окситонным ударением в германском соответствует вариант со звонким согласным (ср. готск. fadar, др.-англ. fæder и др.), тогда как санскр. bhrātā ‛брат’, греч. phrā́ter ‛член фратрии’ с баритонным ударением соответствуют готск. brōþar, др.-сакс. brōther и др. с глухим спирантом. Установленная Вернером связь казалась неожиданной, но хорошо подтверждалась соответствиями. Попытки объяснить ее долго не имели успеха. Часто повторявшиеся ссылки на роль интерсонорной позиции в озвончении спирантов лишены убедительной силы, так как в той же позиции встречались и глухие спиранты.
Лишь в самое последнее время в результате сравнительного исследования германских просодических систем, были вскрыты внутренние механизмы, способствовавшие возникновению чередований по закону Вернера. Как выяснилось, в германском существовала просодическая система, функционально омоморфная индоевропейской словесной акцентуации, но по своему материальному воплощению существенно отличавшаяся от нее. Если в санскрите и древнегреческом ударение было подвижным и встречалось как на корневых, так и на конечных слогах, то в германском оно было фиксировано на корневом слоге, и индоевропейская подвижность ударения была замещена здесь просодическими вариациями корневого слога. В зависимости от количества слога, его краткости, долготы или сверхдолготы, а также фонемного наполнения, просодические контуры слога принимали различный вид. Так, например, на долгих слогах, состоявших из краткого гласного, сонанта и шумного согласного, могли чередоваться просодемы двух типов: одновершинная и двухвершинная. Одновершинная просодема имела трехморный контур типа ⏑⏑́⏑, а двухвершинная — трехморный же контур типа ⏑́⏑⏑́. Фонемы, на которые приходилась вершина контура, получали усиление, тогда как фонемы низинных мор ослаблялись. Так как среди фонем, составлявших фонемный базис просодем, встречались и шумные согласные, а в связи с чередованиями просодем они попадали в разные позиции, то в словах и словоформах чередовались сильные и слабые ступени фонем.
