Таким образом, когда мы говорим об организации, речь идет не просто о некоторой внешней упорядоченности, в которой перед нами выступает любое вещественное образование, а именно о третьей форме представления все той же всеобщей субстанции (в которой упомянутая упорядоченность является только одной из форм ее представления). А потому те явления, которые в более значительной степени, чем другие, связаны с проявлением этой третьей «ипостаси» материи, рассматриваемой в дихотомических координатах, содержат как бы некий «скрытый фактор», что, в частности, в ряде случаев приводит к кажущемуся нарушению строгого детерминизма. В наиболее явном виде это отражается в квантовой механике с ее представлениями о принципиально вероятностном характере процессов в микромире. Но уже одно то, что кажущаяся «беспричинность» этих процессов, их «спонтанность» в отдельных случаях (например, распада конкретного нейтрона) в массе дает, тем не менее, статистически четко прослеживающуюся закономерность, заставляет думать, что в их основе, так же, как в основе случайных явлений макромира, лежат некие непознанные явления (действие «скрытых параметров»). Однако физики уже давно отказались от такого рода предположений. И в пределах существующих представлений они правы, поскольку обнаружить «скрытые причины» того, что, например, координата и импульс частицы не могут быть одновременно строго определены, путем изучения вещественных и энергетических характеристик материи попросту невозможно, нужно «выйти за пределы плоскости». А это вызывает необходимость не только нового взгляда, но и огромного объема экспериментальных и теоретических исследований, выполнение которых потребует еще немалых трудов.
Методологически же главная сложность заключается в том, чтобы перейти к рассмотрению взаимодействия не двух, как ранее, а трех начал. Это относится к самым различным областям действительности. Примерами могут служить, скажем, столь далекие друг от друга энергетическая энтропия и вещественно-пространственная симметрия. Имея значительную связь с организацией, они преимущественно отражают ее взаимодействие в первом случае с энергией, а в другом — с веществом. Наука постепенно вводит в свой обиход сведения и понятия, связанные с третьей координатой — организацией, но покамест все это не имеет ясности, сильно замусорено математикой (очень помогающей прояснить принципиально освоенные явления, но только затемняющей их суть различными — порой весьма сложными — формами представления одних и тех же явлений в противоположном случае, т.е. при отсутствии принципиального понимания). В области физики впервые за пределы классической науки, основывающейся на изучении двух «ипостасей» материи — вещества и энергии, вышел второй закон термодинамики, затронув третью фундаментальную основу мироздания — организацию. Энтропия — совершенно непостижимая вещь в дихотомических координатах «вещество-энергия». Поэтому второй закон термодинамики «невыводим из законов Ньютона и других фундаментальных законов физики. Это типичный результат “сборки”, возникновение новых системных свойств окружающего мира»14, т.е. связан именно с организацией. Масса сведений постепенно накапливается в таких науках как диалектика, общая теория систем, квантовая механика, термодинамика, синергетика, теория информации, эволюционная биология, кристаллография и др. И все ближе то время, когда сумма накопленных знаний приведет к качественному скачку в наших представлениях о мире, позволяя связать в единое целое вещество, энергию и организацию.
