Стремление к реформированию прежних устоев затронуло и Русскую православную церковь. В условиях резкого обострения борьбы трудящихся классов против своего бедственного положения церковь, включенная через синодальную систему в структуру государственного управления, многое теряла с точки зрения возможностей воздействия на массы. Этот недостаток особенно усилился в годы деятельности на посту обер-прокурора Синода К. П. Победоносцева, который поощрял процесс огосударствления православной церкви, что приводило к стеснению ее самостоятельности, утрате инициативности. 25 — летнее пребывание Победоносцева во главе духовного ведомства способствовало возникновению кризисного положения в РПЦ и снижению нравственного влияния православного духовенства на массы верующих. В силу этого внутри РПЦ появляются течения «обновления», имевшие целью возвысить авторитет православной церкви через подъем морального уровня ее духовенства. В ходе обсуждения этих проблем на страницах светской, а главным образом церковной печати выдвигались конкретные предложения. Прежде всего речь шла об освобождении РПЦ от жесткой государственной опеки и предоставления ей реальной самостоятельности; реформировании церковного суда и епархиального управления, преобразовании прихода. Высказывалась мысль о превращении Синода в «синодальное правительство Всероссийского собора», независимое от светской власти. Некоторые сторонники «обновления», особенно из числа церковных иерархов, говорили о восстановлении патриаршества. Среди белого духовенства получали распространение идеи «соборности», подразумевавшие расширение участия в делах церкви рядовых священников и верующих.
Отчуждению РПЦ от масс трудящихся содействовала пассивная позиция церкви в аграрном вопросе, что объяснялось наличием обширных церковных земельных владений. Патриархальная набожность в начале XX в. была малохарактерна для демократической интеллигенции и заметно исчезала среди пролетариата. Через рабочих идеи атеизма привносились в крестьянство. Несмотря на это, многие представители церкви, особенно из числа рядовых монахов и священников, пользовались авторитетом и влиянием среди верующих различного социального статуса. На встречи со старцами Оптиной пустыни устремлялись крестьяне, мастеровые, аристократы, военные, предприниматели и интеллигенция. Большой отклик в различных слоях общества нашло возрождение поклонения мощам св. Серафима в Сарове.
