В конце 1890-х гг. вновь обострился финляндский вопрос. По инициативе Николая II были ограничены права сейма княжества, в делопроизводство введено употребление русского языка, установлен порядок замещения административных должностей выходцами из России, ликвидирована самостоятельность финской армии. Это вызвало демонстрации протеста, проведение сбора подписей под петицией царю с просьбой отменить законы, ущемляющие финляндскую автономию, посылку депутации к царю. Депутация, однако, не была принята, что только усилило сепаратистские и революционные настроения в Финляндии.
Постоянно тлеющим огнем в России оставался еврейский вопрос, поскольку для лиц, исповедовавших иудаизм, сохранились все прежние ограничения, касавшиеся территории проживания, прав собственности, занятий, приобретения высшего образования. Это привело к активному формированию на рубеже XIX–XX вв. многочисленных еврейских общественно-политических организаций, от сионистских до социал-демократических. Значительная часть еврейской молодежи, стремившаяся вырваться из замкнутого местечкового мира, вступала в ряды русского освободительного движения. Это давало повод многим лицам из числа высших сановников да и самому Николаю II считать евреев главными возмутителями спокойствия. Такие взгляды высказывались открыто, что провоцировало возрождение в 1903 г. еврейских погромов.
К возникновению народных движений на окраинах империи часто приводили действия властей. В июне 1903 г. был издан царский указ о секвестре движимого и недвижимого имущества армянской церкви и передаче под контроль государства ее расходов. Ему предшествовали закрытие в середине 1890 гг. армянских школ и конфискация в 1898 г. их денежных средств; ликвидация в 1900-х г. армянского издательского общества и гонения на армянскую прессу. Стачка на Юге России заставила власти отсрочить исполнение указа и одновременно ускорила переход армянского населения к активным действиям. В июле — августе 1903 г. прошли демонстрации протеста в городах Армении, Азербайджана и Грузии. В Гяндже произошло столкновение демонстрантов с полицией, были убитые и раненые. Армянская партия «Дашнакцутюн» в 1904 г. решила «заменить стратегию самозащиты на Кавказе стратегией революционных действий». Ею был осуществлен ряд террористических актов против царских чиновников.
Брожение среди коренных народов Сибири и Алтая было вызвано изъятием у них на основе актов, принятых в 1896–1901 гг., земель для передачи их в пользование царского двора (кабинета) и в Переседенческий фонд. Закон сопровождался проведением общего землеустройства и реформированием системы управления сибирскими народами, в ходе которого российское чиновничество потеснило представителей местной феодальной и полуфеодальной знати. Все это привело к массовым выступлениям эвенков, бурятов, алтайцев. Правительство прибегло к массовым репрессиям и введению в бурятских районах «Положения об усиленной охране». Хотя волнения пошли на убыль, но проведение землеустройства и реформы управления затормозились надолго.
