С несовместимостью или слабой совместимостью геномов на молекулярном уровне генетик и селекционер имеет дело при отдаленной гибридизации. Так, низкая комплементарность субъединиц в гибридных молекулах ферментов может быть причиной ослабления и серьезных нарушений в метаболизме и формообразовании у межвидовых и межродовых гибридов. Обилие всевозможных генетических ситуаций, ведущих к разнообразным проявлениям несовместимости в морфогенезе на молекулярном уровне, обнаруживается в селекции тритикале, т. е. в синтезе полигеномного межродового аллополиплоида.
На молекулярном узнавании, комплементации и избирательном взаимодействии белков и нуклеиновых кислот основаны все звенья и механизмы метаболизма и формообразования. Это основной принцип реализации генетической информации в морфогенезе и, безусловно, главный путь обеспечения генетического единства структурных и функциональных элементов организма. Этот принцип действует и на уровне вида как системы, генетическую основу которой составляет геном. При этом белки как первичные продукты экспрессии генома наилучшим образом отражают его видовую специфичность. Сам по себе факт маркирования белками генома как системы видовой категории придает виду большую реальность, объективность и практическую значимость.
Маркирование генома дало возможность уточнить границы ряда принятых ранее ботаниками видов и стимулировать работы на улучшение системы видов. Оно открыло принципиально новые возможности геномного анализа, что позволило выявлять природу и происхождение геномов культурных растений, оценивать степень родства их с дикими сородичами, определять геномный состав аллополиплоидных видов и т. д. (В. Г. Конарев. «Белки растений как генетические маркеры». 1983).
С проблемами генома тесно связана проблема плазмона и плазматипа. Важность ее состоит в том, что, во-первых, плазмон влияет на характер геномных отношений между видами и на интеграцию геномов в полигеноме аллополиплоида; во-вторых, с типом плазмы (плазматипом) могут быть связаны такие биологические свойства растений, как иммунитет и устойчивость к неблагоприятным факторам, поскольку через цитоплазму реализуется генетический потенциал генома в онтогенезе растения. Сейчас перед исследователями стоит проблема идентификации плазмона.
Недавно возникла необходимость критически рассмотреть некоторые взгляды, прямо или косвенно касающиеся перечисленных выше проблем, особенно связанных с вопросами использования молекулярных, в частности белковых, маркеров в генетическом анализе, в данном случае — в сортовой идентификации растений.
