Нижняя палуба была забронирована в носовой части от 102-мм броневого траверза до форштевня полуторадюймовыми (38-мм) плитами, в кормовой части от 203-мм броневого траверза до ахтерштевня трехдюймовыми (76,2-мм) плитами, прикрывавшими румпельное отделение.
Для защиты вентиляционных шахт котельных и машинных отделений от крупных осколков служили броневые колосники.
Общий вес брони, установленный для защиты корпуса составлял 5706 тонн.
Энергетическая установка. Главная силовая установка "Нептуна" состояла из четырех комплектов беспередаточных (работающих напрямую), реактивных паровых турбин типа "Парсонс", вращавших четыре гребных вала с закрепленными на них трехлопастными винтами, изготовленными из легированной марганцовистой бронзы. Турбины размещались в двух водонепроницаемых помещениях машинного отделения, разделенных между собой одной переборкой, параллельной диаметральной плоскости. Длина машинного отделения составляла 19,51 метра.
Состав главных механизмов был следующим: две турбины высокого давления переднего хода (ТВД ПХ), две турбины высокого давления заднего хода (ТВД ЗХ), две турбины низкого давления переднего хода (ТНД ПХ) и две турбины низкого давления заднего хода (ТНД ЗХ). Турбины установили поровну в каждом машинном отсеке: по одному комплекту ТВД ПХ и ЗХ и одному комплекту ТНД ПХ и ЗХ. Турбины ВД вращали наружные гребные валы, турбины НД - внутренние. Все гребные валы при переднем ходе корабля вращались наружу. Диаметр ротора турбин ВД составлял 2082,8 мм, турбин НД - 2768,6 мм.
Следует иметь ввиду, что паровые турбины, применяемые на тот день в британском судостроении, являлись нереверсивными, поэтому для изменения направления вращения гребного вала на противоположное, в этих энергетических установках применялись турбины заднего хода (ТЗХ), размещавшиеся на одном валу с турбинами переднего хода (ТПХ).
Для одновременного управления ходами турбин ПХ и ЗХ служил маневровый клапан, посредством которого контрпар, (пар подаваемый для перемены направления вращения), подавался на турбину заднего хода. При среднем положении маневрового клапана впуск свежего пара в обе турбины прекращался, что значительно сокращало продолжительность реверса. При заднем ходе турбины переднего хода вращались вхолостую, создавая незначительные потери мощности на гребных валах (трение в упорных подшипниках, сопротивление воздушной среды вращения ротора с рабочими лопатками и т. п.). Аналогичный процесс происходил при переднем ходе судна, только в этом случае вхолостую вращались роторы с рабочими лопатками турбин заднего хода.
