Зубатов сразу приступил («по долгу службы царю и Отечеству и по велению совести гражданина») к решительному реформированию всей сыскной службы, внося в её повседневную практику строгую организацию и чёткий порядок.
Отныне во все нелегальные группы и кружки сомнительного с точки зрения властей толка засылались свои (специально для этого дела подготовленные) люди. В охранке их нарекли «информаторами», революционеры называли их «провокаторами». От них Охранное отделение оперативно узнавало о том, что происходило в среде подпольщиков, и имело достоверные сведения обо всех, кто занимался антиправительственной деятельностью.
Зубатов издал специальную «Инструкцию господам участковым приставам Московской городской полиции по производству обысков, арестов и выемок, о государственных преступлениях». И таких служебных бумаг появилось немало. В полиции принялись подробно регистрировать каждого задержанного, включая его фотографирование и скрупулёзное описание внешности и привычек.
Жандармскому офицеру Александру Ивановичу Спиридовичу довелось работать под началом Сергея Зубатова с 1900 года. Вот как он описал первую встречу с ним:
«… еду в Гнездиковский переулок являться в Охранное отделение.
Двухэтажное здание зеленоватого цвета окнами на переулок.
Вхожу в большой, нарядный не казённый кабинет. На стене – прелестный, тоже не казённый царский портрет. Посреди комнаты – среднего роста человек в очках, бесцветный, волосы назад, усы, борода, типичный интеллигент, это – знаменитый Зубатов.
Представляюсь, называя его «господин начальник». Он принимает мой рапорт стоя, по-военному, опустив руки и, дав договорить, здоровается и предлагает папиросу. Отказываюсь, говорю, что не курю. Удивляется.
– Может быть и не пьёте?
– И не пью.
Начальник смеётся и, обращаясь к Медникову, говорит: «Евстратий, и не пьёт!»».
Шел уже четвёртый год, как московскими жандармами руководил новый начальник, и Спиридович написал:
«Отделение уже вычистило к тому времени Москву и раскрыло несколько революционных организаций вне её…
Зубатое сумел поставить внутреннюю агентуру на редкую высоту. Осведомлённость отделения была изумительна. Его имя сделалось нарицательным и ненавистным в революционных кругах. Москву считали гнездом «провокаций». Заниматься в Москве революционной работой считалось безнадёжным делом».
Да, Московское охранное отделение стало образцом для всей России. И это произошло, как считал Александр Спиридович, исключительно благодаря розыскным способностям Сергея Зубатова:
