А весной 1918 года новый директор предложил фантастическую по тем временам программу работы института. Он хотел создать на базе лаборатории научное учреждение, которое объединило бы специалистов из разных областей естествознания для решения общих, единых для всего института проблем. Вообще-то идея объединения под одной крышей физиков, астрономов, химиков и биологов появилась еще при П. Ф. Лесгафте, который считал, что природа едина в многообразии своих проявлений, а потому должна изучаться как единое целое. Но только сейчас появилась возможность реализации этой идеи. Советское правительство шло навстречу инициативе ученых, если последняя способствовала развитию науки в стране.
Помимо руководства институтом, Н. А. Морозов взял на себя заведование только что созданным астрономическим отделением. Сотрудниками нового отдела стали его соратники по Российскому обществу любителей мироведения (РОЛМ), председателем которого он был избран с момента его образования. Это были Даниил Осипович Святский, Михаил Яковлевич Мошонкин, Сергей Владимирович Муратов, Михаил Анатольевич Вильев, Наум Ильич Идельсон, Нина Михайловна Штауде, Сергей Михайлович Селиванов.
Одной из основных задач астрономического отделения являлась разработка вопросов исторической астрономии, выдвинутых в области звездной мифологии, и установление времени различных исторических памятников древности, содержащих в себе астрономические указания. Для этой цели астрономы-вычислители отделения, кроме различных специальных работ, приступили к составлению системы таблиц, с помощью которых можно было бы определить все времена, соответствующие данному расположению Солнца, Луны и планет. Кроме того, астрономическое отделение занималось исследованиями астрофизического характера, обработкой произведенных на частных обсерваториях России наблюдений над переменными звездами, теоретическими исследованиями и обработкой наблюдений падающих звезд.
Все работы сотрудников выполнялись под общим руководством Н. А. Морозова. Но они не проявляли особого интереса к идеям своего начальника. Одним из самых лучших его сотрудников был молодой астроном М. А. Вильев, выдающийся талант, уже успевший получить известность своими трудами среди ученых Европы. Но и он порой проявлял строптивость. Например, когда Морозов просил расширить интервал вычислений, включив в него и позднее Средневековье, для различных астрономических явлений, описанных в считающихся древними исторических сочинениях, его помощник полагал это пустой тратой времени. Как дальше сложились бы их отношения — неизвестно, так как М. А. Вильев из-за тяжелых условий жизни простудился и умер от воспаления легких в 1919 году.
