Новый орган духовно-учебного управления, с одной стороны, отчасти отвечал основным требованиям, сформулированным во мнениях и дискуссиях 1859–1867 гг.: особый орган, занимающийся исключительно учебно-воспитательной стороной деятельности духовно-учебной системы, состоящий из лиц с высшим духовным образованием. С другой стороны, уже в самой постановке этого органа было много положений, которые вызывали нарекания в самом начале его деятельности и которые грозили в дальнейшем серьезными последствиями: неопределенность положения Комитета по отношению к обер-прокурору и к Святейшему Синоду, невозможность прямого доклада духовно-учебных дел в заседаниях Святейшего Синода; неопределенность положения Учебного комитета и его ревизоров по отношению к епархиальным преосвященным, вызывающее недовольство архиереев «подчиненностью» их светским лицам, хотя и имеющим духовное образование. Бесправность самого положения Учебного комитета – все обсуждать, но ничего не решать – не позволяла ему владеть ситуацией и вела к снижению ответственности его членов.
Таким образом, духовно-учебные реформы 1867 г. – разрушение целостной соподчиненной духовно-учебной системы, преобразование семинарий и учреждение Учебного комитета – сделали реформу духовных академий неизбежной, хотя и оставляли свободу в степени ее радикальности. Академии, освобожденные от задачи управления семинариями, получали возможность сосредоточиться на решении своих непосредственных задач – построении высшего духовного образования и создании наилучших условия для развития богословской науки, хотя сохранение принципа педагогического самообеспечения духовно-учебной системы накладывало на решение этих проблем определенные ограничения. Требования, предъявленные новым Уставом духовных семинарий к преподавателям-специалистам, ставили академии перед необходимостью повышения уровня подготовки выпускников, как специальной, так и педагогической. Неопределенность отношений академий с новым духовно-учебным центром – Учебным комитетом – подразумевала прямое подчинение академий Святейшему Синоду, но опыт свидетельствовал о практической нестабильности такого состояния. Учебная направленность Комитета не отвечала запросам, предъявленным к развитию богословской науки, и ставила вопрос о необходимости централизации научной деятельности. При проведении реформы духовных академий неизбежно должны были встать вопросы, во многом определившие ход семинарской реформы 1867 г.: светское влияние на духовно-учебные преобразования и отношение духовной школы со школой светской.
