Вероятно, он с самого начала решил относить рухляки к пермскому периоду – так о них написано в отчётах, опубликованных до поездки Амалицкого. Теперь стало ясно, что Докучаев угадал. Найденные в Горбатовском уезде окаменелости принадлежали пермским животным и исчислялись сотнями, если не тысячами образцов. «Немые рухляки» оказались не просто разговорчивыми, но даже болтливыми. Зачастую их переполняли окаменелости, хотя и весьма однообразные. Почти все находки принадлежали двустворчатым моллюскам, по форме и размерам напоминавшим миндаль. Причём сами раковины не сохранились, от них остались только внутренние или внешние слепки. Стоит на примере пояснить отличие.
Если вазу заполнить цементом, а потом разбить, то из застывшего цемента получится внутренний слепок вазы. С внешним сложнее. Для этого вазу надо погрузить в цемент, потом её разбить и извлечь обломки. Внутри останется полость. Если её заполнить раствором, получится внешний слепок. Внутренний слепок отражает внутреннее строение раковины, внешний – наружное.
Трудность состояла в том, что одни виды древних моллюсков были описаны по внутренним слепкам, другие – по внешним, третьи – по самим окаменелым раковинам, четвёртые – по отпечаткам. Сопоставить одно с другим, третье с четвёртым и всё вместе представляло собой нетривиальную и зачастую нерешаемую задачу. «У меня теперь действительно – редкая коллекция, но ирония судьбы – из 10 мест есть у меня ископаемые и все одни пластинчатожаберные… Есть несколько таких раковин, от которых известны только внутренние ядра, а у меня как раз наружные», – писал Амалицкий[100].
Помимо раковин двустворчатых Амалицкий собрал в рухляках куски пермских деревьев, причём на одном даже сохранились «как бы места прикрепления сучков и нечто в роде отдельных наслоений коры». Он нашёл чешую и «другие части рыб», крошечные зубы амфибий и большой зуб, который посчитал за зуб хищного ящера деутерозавра (Deuterosaurus biarmicus). В одном местонахождении оказались «целые скопления различного рода костей, которые, хотя и не потеряли своей структуры, но плохо сохранили наружный вид»[101]…
Иностранцев говорил, что прямая задача геолога заключается в том, чтобы «реставрировать физико-географические условия» прошлого и восстанавливать «условия жизни организованного мира»[102]. Амалицкий старался следовать этой идее и старательно реконструировал палеогеографию и палеоэкологию. В монографии про Горбатовский уезд он вкратце написал, что в пермском периоде здесь проходил берег моря, а пёстрые рухляки являются мелководными прибрежными отложениями. На близость суши указывали стволы растений, кости ящеров, а также обильные остатки двустворчатых моллюсков, которых Амалицкий считал пресноводными.
