В то же время владыка обычно пребывал в мирном и благожелательном настроении, нередко шутил по разным поводам. Известная загруженность митрополита чтением бесконечных бумаг побудила его к замечанию: «Право, некогда читать всего, что весьма щедро пишут ныне люди, к несчастию учившиеся грамоте». Настоятель одного из подмосковных монастырей имел весьма высокое мнение о значении своей персоны, и уж кто, как не архипастырь Московский, был в состоянии унизить гордеца, но Святитель лишь посетовал со сдержанным остроумием: «Сей человек думает, что он умнее всех, и, когда я стараюсь ему доказать, что это сомнительно, он смотрит на меня с удивлением или с сожалением, что я не понимаю его премудрости».
Смирение Святителя, его великодушие и благодушное остроумие были плодами достигнутого им, путем внутреннего труда и усилий, состояния душевного блаженства, гармонии духовных сил личности, ибо, по словам апостола Павла, плод же духа: любовь, радость, мир, долготерпение, благость, милосердие, вера, кротость, воздержание (Гал. 5, 22–23).
В своем монашеском делании Святитель обращался не только к великим примерам прошлого: владыка почитал и своих замечательных современников. Митрополит Филарет приложил немало усилий для издания первого Жития преподобного Серафима Саровского, прозрев в нем великого угодника Божия вопреки сомнениям синодальных архиереев. Постоянное внимание он оказывал Оптиной пустыни, особенно почитая старцев Макария и Исаакия. В связи с возникновением смуты в Серафимо-Дивеевской обители, Святитель сам расследовал обстоятельства дела, убеждая государя Александра Николаевича в правоте учеников великого старца, и смог содействовать прекращению нестроения. Не все радовало митрополита в монашеской жизни, в письме архимандриту Антонию он печалился: «Очень жаль, что и монахи смотрят вверх, а не в землю, как учили Отцы».
Внимательнейше надзирая за жизнью Свято-Троицкой Сергиевой Лавры, благодатно окормляя ее, владыка, вместе с архимандритом Антонием, основал вблизи Лавры Гефсиманский скит. Скит стал любимым местом пребывания митрополита. Здесь, вдали от суеты и шума, он читал творения Отцов Церкви, редактировал их переводы, отдавался размышлениям и погружался в молитву.
Но и в Москве, на Троицком подворье, находившемся на Самотеке, вблизи шумного московского торжища, Святитель оставался иноком, для него и подворье было пустыней, невидимой чужому глазу. Он целомудренно скрывал жизнь сердца, даже келейники не знали, как проводит он ночные часы молитвы.
