Не зная о том, митрополит Филарет занимался текущими вопросами. 20 сентября он издал предписание правлению Московской духовной академии и духовной семинарии принять необходимые меры к охранению от болезни. 25 сентября по его благословению во всех московских церквах были отслужены молебны о избавлении от холеры. Сам владыка отслужил молебен в Успенском соборе и принял участие в крестном ходе вокруг Кремля. Но число заболевших выросло до многих сотен, каждый день умирало несколько десятков человек и в роскошных дворцах, и в бедных домишках. Угроза смерти нависла над каждым. 26 сентября владыка Филарет направил предписание о мерах осторожности в московских монастырях.
Николай Павлович пригласил его приехать в столицу, но митрополит отказался. «Я отложил путь в Петербург, чтобы умирать со своими», – написал он архимандриту Афанасию в Лавру. Матери в Коломну написал помягче: «В Петербург ехать я отложил, почитая долгом в сомнительное время быть у своего места». В это время от холеры умерли брат государя великий князь Константин Павлович, фельдмаршал И. И. Дибич и многие еще…
А поздно вечером 28 сентября Император неожиданно для всех прибыл в Москву. Утром 29 сентября он появился в Иверской часовне, а затем в сопровождении несметной толпы народа отправился в Кремлевский дворец. На ступенях Успенского собора его встретил митрополит Филарет со словами: «Благословен грядый на спасение града сего… Цари обыкновенно любят являться царями славы, чтобы окружать себя блеском торжественности, чтобы принимать почести. Ты являешься ныне среди нас как царь подвигов, чтобы опасности с народом твоим разделять, чтобы трудности препобеждать».
Думается, митрополит верно оценил смелый порыв государя, пожелавшего быть со своими подданными в минуту реальной опасности. Но, в свою очередь, и Император Николай Павлович не мог не понять искренности своего верноподданного, высокопреосвященного Филарета, дерзавшего открыто поучать царей и не таившего камня за пазухой.
3 октября, в день святителей Московских, в Успенском соборе владыка Филарет произносит проповедь, в которой утверждает: благочестивейший государь наш «не причиною нашего бедствия, как некогда был первою причиною бедствия Иерусалима и Израиля Давид (хотя, конечно, по грехам и всего народа), однако с Давидовым самопожертвованием приемлет он участие в нашем бедствии». Это явно вынужденное самооправдание, но каков его характер? В нем служитель Церкви вновь позволяет себе судить царя.
