Несмотря на крайне тяжелое положение на фронтах, военные контрразведчики уже к осени 1941 г. накопили немало ценной информации о системе и тактике действий германской разведки во фронтовой зоне и тылах советских войск, что позволило более целенаправленно и организованно осуществлять оперативный розыск и задержание вражеской агентуры.
Налаженный обмен информацией между контрразведкой НКВД, включая и территориальные органы наркомата, и Управлением особых отделов не только способствовал обогащению военных контрразведчиков знаниями и опытом борьбы с противником, но и позволил перейти к началу проведения совместных контрразведывательных операций, направленных на срыв замыслов противника.
Л. П. Берия был удовлетворен руководством В. С. Абакумовым особыми отделами, и отражение результатов их работы составляло немалую часть докладов И. В. Сталину и спецсообщений НКВД в ГКО. Так, уже к концу 1941 г. органами НКВД, включая и особые отделы, было арестовано около 5 тысяч германских агентов, более половины из которых были обезврежены непосредственно в зоне боевых действий РККА. Нельзя не подчеркнуть и того факта, что ожесточенность борьбы с агрессором привела к изменениям уголовного законодательства с учетом условий военного времени. Специальное постановление ГКО от 11 августа 1941 г. устанавливало порядок ареста военнослужащих (рядового и младшего начальствующего состава по согласованию с военными прокурорами дивизий, среднего начсостава – посогласованию с командованием дивизии и дивизионным прокурором, старшего начсостава – по согласованию с военным советом армии или военного округа). Также в ноябре постановление ГКО расширило полномочия Особого совещания НКВД, вплоть до высшей меры наказания (расстрела), по делам по делам о контрреволюционных и особо опасных преступлениях против порядка управления.
В 1942–1944 годах, с учетом специфики деятельности германских спецслужб, совершенствовались формы и методы противодействия им военных контрразведчиков, что позволило действовать более гибко, овладевать инициативой, что в целом вело к росту оперативного мастерства.
Однако в борьбе с агрессором органы госбезопасности несли также значительные потери. Так, по состоянию на 1 марта 1944 г., только в военной контрразведке значились: убитыми – 3725 сотрудников, пропавшими без вести – 3092 сотрудника, ранеными и выбывшими в госпитали – 3520 человек. В этой связи В. С. Абакумов уделял серьезное внимание подготовке пополнения особых отделов: в них направлялись кадры, прошедшие специальную подготовку, причем именно с учетом опыта войны, а на эту профессиональную подготовку отбирались преимущественно офицеры РККА, уже имевшие боевой опыт. Так, 23 июля 1941 г. по инициативе Абакумова при Высшей школе НКВД были организованы специальные курсы по подготовке военных контрразведчиков. К октябрю 1941 г. только Высшей школой НКВД в особые отделы были направлены около 1200 выпускников курсов подготовки оперативного состава.
