Директива от 22 июня 1941 г. ставила перед военной контрразведкойзадачи по предотвращению в армейской среде случаев дезертирства и измены Родине, пресечению антисоветских проявлений и «вражеской работы по разложению личного состава воинских частей», распространению контрреволюционных листовок, провокационных и панических слухов, разглашению государственных и военных тайн.
Постановлением Государственного Комитета Обороны (ГКО) № 187 от 17 июля 1941 г. военная контрразведка (органы бывшего Третьего управления Наркомата обороны), была возвращена в структуру НКВД с образованием Управления особых отделов (УОО) НКВД. Этим же постановлением главной задачей особых отделов «на период войны» назывались борьба с шпионажем и предательством в частях Красной Армии и ликвидация дезертирства непосредственно в прифронтовой полосе. На начальников охраны тыла Действующей Армии возлагалась обязанность «оказывать всяческую поддержку» особым отделам.
19 июля начальником Управления особых отделов (УОО) был назначен, с сохранением за ним также должности заместителя наркома, комиссар госбезопасности 3-го ранга В. С. Абакумов.
Первейшей задачей Абакумова, как и всего личного состава органов безопасности, в условиях войны являлось быстрое и точно выполнение директив и указаний «Инстанции», то есть, персонифицированной воли Председателя ГКО, Председателя СНК и наркома обороны СССР И. В. Сталина.
Следует отметить, что в начальный период Великой Отечественной войны главным противником советской контрразведки являлись Управление «Абвер-Заграница» при штабе Верховного командования вооруженных сил, призванное осуществлять информационно-разведывательное обеспечение военных операций вермахта, и подчиненные ему фронтовые (абверкоманды и абвергруппы) и тыловые (абверштелле и абвернебенштелле) органы. Уже к осени 1941 г. на советско-германском фронте действовали 10 абверкоманд и 45 подчиненных им абвергрупп, насчитывавших свыше 5 тысяч кадровых военных разведчиков. Помимо этого на оккупированной территории СССР было создано около 10 тыловых органов – абвештелле и абвернебенштелле. Для непосредственного руководства этой системой органов военной разведки еще в мае был образован головной фронтовой орган абвера под кодовым наименованием «Штаб Валли». Всего же на советско-германском фронте действовало свыше 14 тысяч сотрудников фашистских спецслужб.
Первоначально деятельность Абвера по заброске разведывательной и диверсионной агентуры направлялась на передовые позиции советских войск и ближние их тылы. По мере краха стратегии «блицкрига», ставшего очевидным с началом затяжных позиционных боев на московском направлении в октябре 1941 г., центр тяжести разведывательно-подрывной деятельности германской разведки начал переноситься на тыловые районы СССР.
