22 июня 1941 года фашистская Германия и ее сателлиты без объявления войны вероломно напали на Советский Союз. Враг перешел в наступление на всем протяжении западных границ Советского Союза от Белого до Черного морей. В первые дни и месяцы на фронтах складывалась невыгодная для нашей страны обстановка: Красная Армия вынуждена была отходить в глубь страны.
В этих трудных условиях партия и правительство призвали воинов и всех граждан страны отстаивать каждую пядь советской земли, драться до последней капли крови за наши города и села, проявлять смелость и инициативу.
В этот период вновь, как это было и раньше при сложных обстоятельствах, партия и правительство нашли целесообразным ввести в армии и на флоте институт военных комиссаров. 16 июля 1941 года Президиум Верховного Совета СССР принял указ «О реорганизации органов политической пропаганды и введении института военных комиссаров в Рабоче-Крестьянской Красной Армии».
20 июля действие этого указа было распространено и на Военно-Морской Флот. В это же время управления и отделы политической пропаганды преобразовались в политические управления и отделы. Одновременно в полках, дивизиях, корпусах, штабах, военно-учебных: заведениях Красной Армии были введены должности военных комиссаров, а в ротах, батареях и эскадронах — политические руководители.
Военные комиссары и политруки вели большую политическую работу в войсках, воодушевляли воинов на борьбу с фашистскими захватчиками, личным примером храбрости, мужества и отваги поднимали боевой дух частей и соединений.
В ходе непрерывных боев с врагом командные кадры РККА и ВМФ СССР быстро накапливали боевой опыт, учились разгадывать вражеские замыслы, квалифицированно руководить боем и операцией, становились умелыми воспитателями подчиненных, делом подтверждали свою непоколебимую верность и преданность Родине. С другой стороны, военные комиссары и политработники выросли в военном отношении, стали важным резервом для замещения командных должностей.
Таким образом, на исходе первого года войны созревала обстановка, при которой отпадала необходимость существования института военных комиссаров.
Уже в летние месяцы 1942 года к этому выводу пришли многие командиры. Так, главный маршал артиллерии Н. Н. Воронов в своих мемуарах рассказывает, что, побывав летом 1942 года в войсках Юго-Западного и Сталинградского фронтов, он пришел к твердому убеждению, что институт военных комиссаров, введенный в начале войны, сыграл свою роль, что в огне сражений командиры выросли, идейно закалились, приобрели боевой опыт и что настала пора сделать их единовластиями руководителями. Это даст им возможность принимать самостоятельные, быстрые решения и до конца нести ответственность за действия вверенных войск. Под впечатлением увиденного в Сталинграде Н. Н. Воронов написал письмо в Центральный Комитет партии, в котором были следующие строки: «Нужно поднять авторитет командиров, чтобы они полностью могли единолично отвечать за все хорошее и плохое. Без этого не создать условий для роста командира, воспитания у него силы воли, решительности, смелости, энергичных действий и т. п. Путь один — вернуться к единоначалию… С введением единоначалия, я убежден, будем успешнее воевать»
