В последующем на разных этапах военного строительства статус политработников армии и флота изменялся. В зависимости от военно-политической обстановки политработники выступали либо в роли заместителей (помощников) командиров по политической части, либо как военные комиссары.
После окончания гражданской войны в условиях активного роста политической сознательности командных кадров, увеличения партийной прослойки в их среде, изменения социального состава в сторону резкого увеличения доли представителей трудящихся классов (рабочих и крестьян) база для сохранения системы военных комиссаров сужается. В связи с этим с начала 1925 года в армии и на флоте устанавливается единоначалие. В случае когда командир являлся коммунистом, он объединял руководство боевой подготовкой, административно-хозяйственной деятельностью и всей партийно-политической работой. Он являлся одновременно командиром и комиссаром, нес полную ответственность за боеспособность и боеготовность части. У такого командира-единоначальника был помощник по политической части. В остальных же случаях в руках командира сосредоточивалась лишь работа по боевой подготовке личного состава и административно-хозяйственные функции. При нем сохранялся военный комиссар, который руководил партийно-политической работой и вместе с командиром нес ответственность за политико-моральное состояние, дисциплину, боеспособность и боеготовность части.
Такая система руководства частями и соединениями сохранялась вплоть до 1937 года, когда 10 мая решением ЦК ВКП(б) и СНК СССР во всех воинских частях, штабах, управлениях и учреждениях Красной Армии были введены комиссары, а в ротах и соответствующих им подразделениях — политруки. Однако данная система просуществовала недолго. Опыт советско-финляндской войны (30 ноября 1939 года — 12 марта 1940 года) показал необходимость в боевых условиях полного единоначалия и предоставления командирам всех прав и ответственности за состояние и действия войск. В результате указом Президиума Верховного Совета Союза ССР от 12 августа 1940 года институт военных комиссаров был отменен, а в соединениях (корпусах, дивизиях, бригадах), частях, кораблях, военно-учебных заведениях и учреждениях Красной Армии и Военно-Морского Флота вводились заместители командиров и начальников по политической части.
Отмена института военных комиссаров, последовавшая примерно через три месяца после введения генеральских званий, может рассматриваться как мера, направленная на повышение авторитета и ответственности высших командиров как полновластных руководителей войск.
