Воодушевленный высокой наградой, он стал готовить экспедицию. Собрав 300 алеутов с Кадьяка и соседних островов на байдарках, посадив промысловиков на суда «Екатерина» и «Александр Невский», Баранов вышел весной 1804 года из Павловской гавани. В Якутате к нему присоединился Иван Кусков — он построил, как и обещал, два новых судна. Одно Баранов назвал «Ростислав», другое — «Ермак», на нем-то он и пошел покорять Ситху, как когда-то Ермак покорял Сибирь. Вскоре Баранов узнал еще об одном событии — к Америке подходил военный шлюп «Нева» под командованием капитан-лейтенанта Ю. Ф. Лисянского. Баранов ожил — с военными моряками и пушками шлюпа шансы отбить крепость заметно возрастали.
В сентябре подошли к Ситхе. Баранов предложил высадить десант и настаивал на участии матросов и офицеров «Невы», но Лисянский возражал: каждый человек экипажа был на счету — с кем ему идти в обратный путь? Он предложил подвести корабль как можно ближе к берегу и обстрелять крепость из корабельных пушек, а затем начать переговоры с колошами. Баранову такая несговорчивость не понравилась, он привык сам принимать решения, но спорить он не стал.
Однако колоши идти на мировую отказались и тем более уходить из крепости. Там засели не меньше пятисот человек, многие с ружьями, притащили с собой даже пушки. Теперь Баранов настаивал на высадке десанта и штурме крепости. Как ни хотелось Лисянскому давать своих людей, но пришлось.
Вот как он описал укрепленный тлинкитами форт: «Ситкинская крепость представляла неправильный треугольник, большая сторона которого простиралась к морю на 35 сажен. Она состояла из толстых бревен наподобие палисада, внизу были положены мачтовые деревья внутри в два, а снаружи в три ряда, между которыми стояли толстые бревна длиной около 10 футов, наклоненные на внешнюю сторону. Вверху они связывались другими, также толстыми бревнами, а внизу поддерживались подпорками. К морю выходили одни ворота и две амбразуры, а к лесу — двое ворот. Среди этой обширной ограды… четырнадцать барабор (домов), весьма тесно построенных».
Решено были идти на штурм с разных сторон; одну группу повел лейтенант Арбузов, другую — мичман Повалишин и Баранов. Атакующие тащили за собой на веревках четыре пушки, время от времени останавливались и стреляли по крепостным стенам и воротам. Но, как заметил Баранов, колоши соорудили частокол из «претолстого» — в два и более обхвата — леса, и ружейные пули застревали в бревнах; свои бараборы индейцы предусмотрительно поставили в низине, так что ядра пролетали над ними, не причинив никакого вреда. В какой-то момент крепостные ворота распахнулись и не менее сотни вооруженных колошей бросились на оба отряда, превратившись из осажденных в атакующих. Кадьякцы дрогнули и побежали, но моряки во главе с Арбузовым продолжали отстреливаться.
