До заключения договора все, в том числе Баранов, жили в палатках, вещи и продовольствие хранили на временном складе — в «большом балагане». К концу осени Баранов перебрался в маленькую, только что срубленную баню с печкой-каменкой и до февраля «мучился в дыму и сырости от печи при худой крыше и беспрестанных ненастьях».
Весной начали ставить большую — восемь на четыре саженей — «двухэтажную, с двумя будками по углам казарму». Дом получился просторный, основательный, как любят сибиряки, даже с погребом для хранения припасов. В будках установили пушки, между ними по гульбищу, опоясывавшему второй этаж дома, ходили часовые. Баранов твердо усвоил первое правило жизни в Америке: сохраняй бдительность. Пока двадцать человек занимались строительством, десять их охраняли. «Все сие сделано малыми силами», замечал Баранов, то есть руками тридцати человек и самого правителя. Новую крепость назвали Михайловской — по имени святого архистратига Михаила.
Баранов не любил выпячивать свое участие и не считал то, что он делал, геройством. Лишения переносил терпеливо, видел в них нечто несущественное и временное: «нужды и недостатки сносить со временем дело случайное». И повторял это всем, кто работал рядом с ним. Кто-то разделял такой подход, кто-то — нет.
Н. П. Резанов, увидев жизнь Баранова на Ситхе, не переставал удивляться: «Живем мы все очень тесно, но всех хуже живет приобретатель мест сих, в какой-то дощаной юрте, наполненной сыростью до того, что всякий день обтирают плесень, и при здешних сильных дождях как решето текущей. Чудный человек, он заботится только о покойном помещении других, но о себе самом безпечен до того, что однажды я нашел кровать его в воде плавающую и спросил, не оторвало ли где ветром доску. — Нет, — спокойно отвечал он, — видно, натекло ко мне с площади, — и продолжал свои распоряжения». Резанов назвал Баранова «весьма оригинальным и притом счастливым произведением природы». Для компании он действительно оказался счастливым, да что там — незаменимым приобретением.
Американцы, посещая селение на Ситхе, завидовали русской основательности, но сами почему-то не хотели там что-либо строить. «Они удивлялись нашей отваге и перенесению трудностей, а паче скудной и недостаточной пище и питью одной воды», — замечал Баранов.
Зима 1799/1800 года запомнилась жестокими бурями, которые не давали выходить в море с октября по январь. Свежие продукты быстро закончились, началась цинга. Баранов заставлял людей чаще бывать на воздухе, больше двигаться, выкапывать полезные коренья, из которых сам делал отвары и поил ими больных. В то время на островах, в селении Якутат и на Кенайском полуострове свирепствовала эпидемия неизвестной болезни: заразившиеся чувствовали тошноту и «стеснение в груди» и через сутки умирали в страшных мучениях. Баранову принесли вести и о других потерях: алеуты, приплывшие на Ситху, наелись ядовитых раковин, и хотя их пытались спасти, вызвав рвоту, 100 человек умерли «в ужасных конвульсиях».
