Видимо, Измайлов повинился, и дело замяли. Но когда кража случилась во второй раз и едва не начался бунт, предотвратить который Шелихову помогли экипажи двух других галиотов, он решил Измайлова наказать — на острове Беринга посадил его под арест.
Провинившихся Шелихов обычно штрафовал, а если это не помогало, исключал из компании, арестовывал и отсылал с оказией обратно. Если же оказии не случалось, переводил их на собственное харчевание: «Чтоб в артели нигде таковой не был принят, но о жизни ево иметь всякое человеколюбивое попечение».
Были и те, кого Шелихов награждал: за храбрость при отражении нападений конягов, попечение о компанейском добре и усердное служение. В наставлении он просил особо заботиться о своем «восприемнике», видимо, имея в виду крестника по имени Николай: обувать, одевать, кормить за счет компании «всегда отлично… противу других», чтобы тот не раскаивался в своей усердной службе и чтобы все видели: он — «хозяйской восприемник». Но более всего управляющему следовало заботиться об учении и просвещении Николая: «Всего пуще учи познания о Законе Божием и государевом».
Шелихов считал, что самый лучший путь просвещения туземцев — приобщение их к православию. В Америке их крестили не только священники с приходящих кораблей, но и миряне — сам Шелихов написал, что лично окрестил 40 человек. А первую православную литургию в Северной Америке отслужили в праздник пророка Илии два корабельных капеллана, прибывших с экспедицией Беринга в 1741 году.
Наивно было бы ожидать мгновенной перемены жизни туземцев после принятия ими крещения — это требовало долгой и постоянной, каждодневной, кропотливой работы. Кто должен был ее проводить? Только священники, миссионеры. Но вот их-то на Кадьяке, да и во всей Русской Америке не было. Ни молитвы, ни богослужебные тексты, ни Евангелие на местные наречия еще не перевели — переводы появятся лишь с приездом в Америку святителя Иннокентия (Вениаминова). Однако он был реалистом и не уповал на скорые результаты миссионерства. В 1869 году он писал: «Как бы ни были крещены дикари, но плоды того видны будут в другом поколении, если только не совсем бросят их пастыри. Немного можно найти примеров таких, где бы с первого же раза благочестие или сознательное исповедание учения веры охватило всех и во всей силе».
Чтобы в Америке появились пастыри, Шелихов и Голиков обратились к Екатерине II с просьбой отправить на Кадьяк духовенство. Начальником миссии Священный синод назначил в 1793 году архимандрита Иоасафа (Болотова), 33-летнего монаха Валаамского монастыря, уроженца Кашинского уезда, человека энергичного, деятельного, имевшего опыт преподавания в духовном училище. С ним отправились в путь иеромонахи Ювеналий (Говорухин), Макарий (Александров), Афанасий (Михайлов), иеродиаконы Нектарий (Панов) и Стефан (Говорухин), брат Ювеналия, монах Герман (Попов). Добирались долго: из Петербурга выехали в начале 1794 года, в июле прибыли в Охотск, где их встретил Шелихов и снабдил всем необходимым для служения в Америке; потом плыли до Камчатки, делали передышку на Уналашке и наконец, преодолев путь в 4407 верст, ступили на землю Кадьяка.
