Владимир Крючков подобрал свою команду. Его первыми заместителями были Иван Алексеевич Маркелов и Вадим Алексеевич Кирпиченко. Если первый был политическим назначенцем, не имевшим отношения к разведке, но располагавшим обширными связями в аппарате КГБ, а в свою бытность начальником Рязанского КГБ, боровшимся с Солженицыным, то второй много лет провел в Египте, где являлся резидентом, был по образованию востоковедом и прекрасно знал регионы Африки и Ближнего Востока. Маркелова затем сменил Виктор Федорович Грушко — выпускник МИМО, бывший резидент КГБ в Норвегии, доверенный человек Крючкова, ставший в 1991 году его первым заместителем как главы КГБ. Среди его заместителей были такие профессионалы, как Яков Медяник, Юрий Дроздов и Николай Леонов, который станет широко известным в 1990-е годы.
1985 год Владимир Крючков встретил в начале седьмого десятка лет. Он был еще достаточно полон сил, хотя выглядел уже старовато. То, что Горбачев сменил прежних стариков, казалось ему само собой разумеющимся, и он связывал с ним немало надежд. То, что отношения с Западом дошли до крайней точки и необходимы шаги по их улучшению, также не вызывало сомнений. Нужно было решать и афганскую проблему, все больше превращающуюся в гангрену, отравляющую весь организм. Поэтому Владимир Крючков с энтузиазмом откликался на инициативы Горбачева как во внешней, так и во внутренней политике. Надо отметить, что как раз на начало перестройки пришелся пик удач ПГУ — Олдрич Эймс сдал много американских шпионов в советских спецслужбах, которые были арестованы и расстреляны. Единственный, кому удалось уйти, — Олег Гордиевский, но он работал не с ЦРУ, потому и спасся.
Переговоры и консультации по Афганистану, в которых Владимир Крючков принимал активное участие, привели к подписанию в апреле 1988 года в Женеве соглашений о выводе советских войск к 15 февраля 1989 года. В ходе мирного урегулирования афганской проблемы ему пришлось много контактировать с новым министром иностранных дел Эдуардом Шеварднадзе, до того — первым секретарем грузинской компартии. Хотя Крючков никогда не пытался влиять на кадровую политику в высших эшелонах власти, он, узнав от Чебрикова, что Шеварднадзе планируют назначить в МИД, пытался отговорить руководство страны от подобного шага, считая, что тот, в силу своей полной неподготовленности для занятия такого поста, не сможет эффективно работать. Соглашения хотя и привели к окончанию участия советских войск в афганской войне, но они ничего не гарантировали, в частности, безопасности дружественного СССР режима. Моджахеды их не подписывали и продолжали воевать. Как вспоминал Крючков, в советских верхах Афганистан практически был списан со счетов, и ожидалось падение режима Наджибуллы вслед за выводом Советской армии. Крючков был в числе немногих, кто верил в его перспективы. И действительно, власть НДПА продержалась до 1992 года.
