По Афганистану Владимир Крючков плотно работал с Михаилом Горбачевым. Возможно, именно тогда генеральный секретарь и решил, что именно Крючков станет преемником Чебрикова на посту главы КГБ. Тот слишком уж ассоциировался с прежними временами и наследием Андропова, что мешало в эпоху гласности и демократизации. Поэтому Горбачев предложил следующую кадровую перестановку — Чебриков переходит на пост секретаря ЦК, курирующего правоохранительные органы, а на его место назначается Владимир Крючков. Напомним, на тот момент он даже не являлся первым заместителем председателя КГБ, каковым был Филипп Денисович Бобков (другим первым заместителем числился Николай Павлович Емохонов, который отвечал за чисто технические вопросы, будучи инженером, и на руководство комитетом претендовать не мог), а всего лишь рядовым замом — начальником ПГУ.
В пользу кандидатуры Владимира Крючкова сработали следующие факторы. Он, как отмечалось выше, не был причастен к борьбе с диссидентами — в отличие от Бобкова. Как разведчик, хорошо знал окружающий СССР мир, не обладал провинциальностью и узостью взглядов. Крючков тесно работал с новой командой — Шеварднадзе и самим Горбачевым по афганской проблематике — и мог считаться в этом смысле «своим» человеком в КГБ. Также его хорошо знал «серый кардинал» — Александр Яковлев, 12 лет проработавший послом в Канаде и в таковом качестве близко сотрудничавший с разведкой, поскольку под крышей его посольства служило немало людей из КГБ. Кроме того, Крючков, как и сам Горбачев, считался человеком Андропова, что их сближало.
С позиций сегодняшнего дня представляется, что ему не надо было соглашаться на предложение Горбачева. Все-таки по большому счету Владимир Крючков не был готов к тому, чтобы руководить КГБ. В тот момент на первый план выходили внутриполитические проблемы, в которых он слабо разбирался. Это обстоятельство сыграло свою роль во время подготовки и реализации ГКЧП, когда проявилась неподготовленность Крючкова к решению тех задач, на которые он замахивался. Возможно, его стоило назначить на должность министра иностранных дел — как спустя несколько лет поступил Борис Ельцин с Евгением Примаковым, переведя того из Службы внешней разведки в МИД. Там, в высотке на Смоленской площади, Крючков мог бы принести больше пользы со своим чутьем государственника.
Но, как бы там ни было, вопреки опасениям жены он согласился на предложение генсека и 1 октября 1988 года возглавил КГБ СССР. Для любого чекиста все-таки представлялось почетным занять место «железного Феликса». Второго шанса не будет — понимал Крючков, а завершить свою карьеру на Лубянке должностью председателя КГБ — предел мечтаний для любого чекиста. Кроме того, по сложившейся традиции это автоматически подразумевало вхождение в политбюро, то есть причастность к важнейшим государственным решениям.
