Александрийская библиотека превратилась в прах в первые века I тысячелетия н. э., но знания о древнем мире продолжали сохраняться посредством других библиотек. Свидетельство существования одной из таких ранних библиотек можно найти на мозаичном изображении на гробнице императрицы Галлы Пласидии в Равенне, в часовне, построенной специально для этой цели примерно в 450 году н. э. На мозаике изображен шкаф для хранения книг, с двумя полками, на каждой из которой лежат плашмя отдельные книги, в том числе четыре тома с именами каждого из евангелистов на корешке. Шкаф стоит на прочных опорах и приподнят над уровнем пола (вероятно, для защиты его содержимого от наводнений) [27].
Капитолийская библиотека в Вероне, Северная Италия, ведет свое происхождение от соборного скриптория. Самая старая из связанных с этой библиотекой книг, относящаяся к 517 году н. э., была написана неким Урсицином, занимавшим в соборе незначительную должность, но в библиотеке также имеются книги как минимум на столетие старше, когда, вполне возможно, Александрия еще обладала остатками былой славы. Вполне вероятно, что они были переписаны в тамошнем скриптории с книг, привезенных с целью положить начало новому книжному собранию. В VI веке одна из религиозных общин построила в Синайской пустыне монастырь в честь святой Екатерины и создала библиотеку, где хранились библейские рукописи чрезвычайной важности, в частности знаменитый Синайский кодекс, самая древняя и наиболее полная рукопись Библии на греческом языке, относящаяся к первой половине IV века. В этой библиотеке и поныне хранятся рукописи и печатные книги, которыми пользуется как местная община, так и другие ученые.
Большинство имеющих ключевое значение трудов, однако, погибли в период, который мы теперь называем «поздней античностью» (примерно с III по VIII века), о чем нам известно по их иногда встречающимся призрачным следам в более поздних книгах или по случайным находкам фрагментов папирусных свитков, на которых при археологических раскопках в последние 150 лет обнаруживаются прежде неизвестные тексты, в том числе более качественные версии классических произведений, чем те, которые знали в Средние века. Иоанн Лид из Византии VI века обладал более полными, чем дошедшие до нас, текстами Сенеки и Светония. Североафриканский епископ святой Фульгенций в V веке и святой Мартин, архиепископ Браги в Португалии, в VI веке цитировали (или скорее выдавали за свои) тексты Петрония и Сенеки, не дошедшие до нас в общем корпусе латинских авторов [28].
