После того как в римском мире запретили исповедовать гностицизм, его продолжали проповедовать и практиковать в небольших подпольных сектах в разных частях Ближнего Востока. По крайней мере одна из этих сект, мандеев, сохранилась на юге Ирака до наших дней. Другие, богомилы, процветали в раннем Средневековье на территории современной Болгарии. Их миссионеры путешествовали на запад, в Италию и на юг Франции в XII и XIII веках, положив начало самому известному западному гностическому движению — катарской ереси.
Инквизиция, официально учрежденная в 1215 году в качестве оружия против катаризма, постепенно уничтожила то, что осталось от катаров после крестового похода в 1208 году. С тех пор гностицизм на западе существовал в основном как примечание в книгах по истории. Так было до периода возрождения оккультизма в XIX веке, когда во Франции появилось несколько небольших гностических сект.
Отношение к этому направлению претерпело серьезные изменения. В нем видели романтизм отверженных и борцов за свои непринятые идеи.
Многие противники устоявшихся версий христианства обратились к гностицизму как к средству полемики или поиска новых околохристианских подходов к духовности. Теософское общество, возглавившее движение альтернативной духовности в конце XIX и начале XX веков, изображало гностиков как просвещенных мистиков, убиваемых ортодоксальными изуверами. Этот образ широко распространился в оккультных кругах в течение «теософского века» с 1875 по 1975 год. Работая над аналитической психологией, швейцарский психолог Карл Юнг (1875–1961) также в значительной степени опирался на частично сохранившиеся идеи гностицизма ().
Стоит отметить, что все слухи и обсуждения гностицизма с момента падения Рима до начала 1970-х годов основывались на нескольких источниках. Написаны они, как правило, раннехристианскими священнослужителями, которые были гораздо больше заинтересованы в осуждении гностиков, чем в их понимании. Но в 1945 году фермеры возле деревни Наг-Хаммади в Египте наткнулись на закопанный глиняный сосуд с двенадцатью томами древних гностических писаний в кожаном переплете.
Из-за войн за научные сферы влияния их публикация и перевод задерживались более чем на два десятилетия. Полное факсимильное издание было опубликовано поэтапно между 1972 и 1977 годами, а в 1977 году был выпущен однотомный английский перевод.
Перевод сочинений вызвал бурный всплеск интереса к гностицизму и способствовал росту и распространению ряда гностических религиозных и духовных организаций. Несколько альтернативных ветвей христианства, связанных с движением независимых епископов, переопределили себя как гностики. Но немногие из этих новоявленных приверженцев отважились на глубокий дуализм древней гностической мысли — что, возможно, и хорошо (,).
