Всеобщая война низов против крепостников отодвигала все другие вопросы на задний план. Могучая энергия Мюнцера отныне направлена на достижение единственной цели, вое он оценивает с точки зрения пользы для дела начавшейся народной революции. Он уже ощущал ее первое дыхание во время своих прежних странствований. Теперь Германия была в огне гражданской войны.
Огромное влияние идей и проповеди Мюнцера на революционные настроения масс, то обстоятельство, что члены созданного им тайного союза во многих местах являлись зачинщиками и руководителями движения, — все это высоко поднимало авторитет Мюнцера среди широких масс крестьянства. К нему обращались с разных сторон за помощью, указаниями и советами. Его ученики и последователи — члены союза — прислушивались к каждому его слову.
Под тяжестью этой ноши Мюнцер казался постаревшим. В его выступлениях исчезает прежний юношеский юмор. Его речи стали суровы, грозны, они гремят, как речи ветхозаветных пророков. Еще в «Твердо обоснованной защитительной речи» к народу обращался не только агитатор, но и спокойный мыслитель, с замечательной ясностью и простотой разоблачавший своих врагов холодным оружием критики. Теперь в речах революционного пророка доминируют слова, разжигающие революционные страсти и вселяющие ненависть к поработителям, — он обращается не к разуму, а к чувству. Он приходит к твердому убеждению, что пора менять «оружие критики на критику оружием».
Сейчас же после возвращения Мюнцера его сторонники обеспечили ему место проповедника в церкви св. девы Марии. Совет пытался воспротивиться этому, но безуспешно. Католическое духовенство было окончательно изгнано из города, и Мюнцеру было предоставлено жилище в подворье разогнанного ордена иоахимитов. Здесь было не только жилище проповедника, но и штаб вождя.
Мюнцер предвидел, что скоро революционный долг призовет его на поле битвы, и лихорадочно готовился к войне. Прежде всего было заключено соглашение о взаимной помощи с отрядами восставших крестьян. Мюнцер был духовным лицом и политическим агитатором. Военное дело ему не было знакомо, но значение военных знаний и необходимость обучения и вооружения масс для революционных действий он прекрасно сознавал. В подворье иоахимитов он организовал отливку пушек, которыми были впоследствии вооружены крестьяне под Франкенгаузеном. По его инициативе в Мюльгаузене создали городское ополчение и приступили к военному обучению горожан. Зачем готовилось мюльгаузенское войско — хранилось в строгом секрете. В целях конспирации Мюнцер и Пфейфер заверяли, что они вооружают горожан по призыву князей. На самом же деле Мюнцер стремился создать хорошо обученный, преданный революции отряд, который мог бы по своим качествам соперничать с княжескими войсками и в дальнейшем явиться стойким ядром крестьянского войска. Военные упражнения происходили на поле между городом и селением Аммара под руководством пяти опытных в военном деле ландскнехтов.
