Ко времени прибытия на остров Наполеон, судя по всему, чувствовал себя неплохо, регулярно ездил верхом и начал писать мемуары. Единственное недомогание, заслуживающее упоминания, — частые бронхиты, по-видимому, следствие влажного, туманного и ветреного климата при резких перепадах температур. 1 октября 1816 года он пожаловался на зубную боль. Две недели спустя доктор О'Мара констатировал отеки и бледный цвет десен, которые кровоточили при малейшем прикосновении. С учетом недостатка овощей и свежих фруктов была диагностирована цинга в легкой форме, то есть болезнь, связанная с недостатком витамина «С», однако отсутствие кожных кровотечений, принадлежащих к клинической картине цинги, а также дальнейшее течение заболевания свидетельствуют не в пользу этого диагноза. 23 октября дополнительно к этому появился отек левой щеки и многочисленные болезненные пузырьки на деснах и внутренней стороне щеки, что сопровождалось усиливающейся болезненностью при глотании. Описание доктора О’Мары соответствует классической клинической картине Stomatitis aphthosa (афтозного стоматита), возникновение которого обусловлено наличием кариозных зубов, низким содержанием витаминов в пище и общим снижением сопротивляемости организма.
Куда больше забот доставило доктору О’Маре летом 1816 года лихорадочное состояние пациента, сопровождающееся коликами, поскольку в этом году на крошечном, размером всего 12 квадратных километров острове свирепствовала дизентерия, вызванная, по всей вероятности, амебами, которая поразила большую часть жителей острова, не исключая и членов свиты императора, один из которых даже умер. Не могло, естественно, не возникнуть предположения о том, что и сам император тоже заразился. Так это или не так, но начиная с этого времени жизненная сила Наполеона начала заметно убывать, он становится апатичным, его лицо приобретает усталое, почти сонное выражение, он заметно прибавляет в весе. 26 мая 1817 года на фоне очередного бронхиального катара, сопровождающегося высокой температурой, вновь появляется отек десен и щеки, на сей раз правеж. Доктор О'Мара порекомендовал незамедлительно вывести пациента из летаргического состояния длительными прогулками на свежем воздухе и обогатить его питание витаминами. Однако это уже не могло приостановить ухудшения общего состояния. 26 сентября 1816 года Наполеон пожаловался на ощущение тяжести в явно отекших ногах, причем надавливание пальцем выше щиколотки оставляло отчетливо видимую вмятину — этот симптом, правда, в менее выраженной форме, был отмечен уже в ноябре прошедшего года. Попытка связать отеки ног с постоянными горячими ваннами или с недостатком белка по типу голодных отеков, наблюдавшихся в лагерях военнопленных во время и после второй мировой войны, кажется сомнительной уже потому, что они отмечались его врачами еще в 1812 году во время русской кампании. Подобный отек ног, вне всякого сомнения, обусловлен статическими причинами, то есть замедлением оттока венозной крови вследствие варикозного расширения вен и/или нарушения функции венозных клапанов. Такое случается, когда ноги в течение многих часов находятся в неудобном положении, что в наше время можно наблюдать при многочасовых авиаперелетах. Достоверно известно, что в это время Наполеон проводил большую часть дня в сидячем положении.
