Во времена гражданской войны Кассий поддерживал Помпея. В 48 г. ему было вверено командование флотом, с которым он действовал против войск Цезаря в Сицилии и на юге Италии. В «Записках о гражданской войне» Цезарь отмечал, какой скоростью, нахрапистостью, изобретательностью, гибкостью и энергией отличались кампании Кассия, насколько они оказывались эффективными. Возможно, столь теплым отзывом Цезарь пытался привлечь Кассия на свою сторону, а может быть, Кассий уже находился в его лагере. Во всяком случае, примерно через год после победы Цезаря при Фарсале Кассий был на его стороне.
Примирение произошло в Южной Анатолии, и тому способствовала поддержка со стороны Брута, шурина Кассия. Позднее Кассий утверждал, что тогда чуть не убил Цезаря, но это слишком смахивает на небылицу.
Его измена была пощечиной бойцам, преданным Помпею, и смертельным оскорблением для его сыновей. Но всё же Кассий мог утверждать, что продолжает служить Республике и борется прежде всего за установление мира. Цезарь радушно принял его и назначил одним из своих военачальников. Мы не знаем, где именно командовал Кассий, но маловероятно, чтобы Цезарь доверил совсем недавнему врагу что-либо важное. Установление мира застало Кассия не у дел. Цезарь назначил наместником Брута, хотя Кассий с его опытом, полученным в Сирии, был более компетентен. Но Цезарь никогда не доверил бы Италийскую Галлию человеку с военными талантами Кассия.
А потом Кассий не помог сыновьям Помпея во время восстания в Испании в 46 г. Он опасался, что они захватят Рим и отомстят ему за измену их отцу. В 45 г. он так писал Цицерону:
Пусть погибну я, если я не встревожен и не предпочитаю иметь старого и снисходительного господина, вместо того чтобы испытать господство нового и жестокого. Ты знаешь, как Гней глуп; ты знаешь, в какой мере считает он жестокость доблестью; ты знаешь, как он убежден, что мы всегда высмеивали его. Опасаюсь, как бы он не захотел над нами в отместку попросту посмеяться мечом.
Затем Цезарь победил, и условия изменились. После того как миновала опасность мести со стороны сыновей Помпея, противников диктатора больше ничего не удерживало от его убийства.
Монархические замашки Цезаря повергали Кассия в недоумение не меньше, чем многих других римлян. Он происходил из семьи, в которой, согласно Цицерону, боролись не только с деспотизмом, но и с любой другой концентрацией власти. Действительно, Кассий был одним из немногих сенаторов, которые проголосовали в феврале 44 г. против присуждения Цезарю целого ряда особых почестей. Это был жест, полный мужества и уважения к идеалам Республики. Если кто-то из римлян и относился серьезно к основополагающей обязанности гражданина защищать Республику и устранить любого, кто претендует на статус царя, то это был именно Кассий.
