В ночь с 24 на 25 ноября 1741 г. дочь Петра I цесаревна Елизавета Петровна с частью преданных ей офицеров и солдат Преображенского полка арестовала во дворце правительницу с мужем и детьми, в том числе и императора Иоанна VI. Арестованы были и сановники прежнего правления, одним из которых был Миних. Смертная казнь была заменена ему ссылкой. Лишенный чинов, орденов и имений, бывший первый министр был сослан в Пелым, где провел двадцать лет. Находясь в Сибири, деятельный вельможа прошлых царствований продолжал заниматься различными проектами относительно военного дела и обустройства государства: чертил военные планы, рисовал фортификационные сооружения, составлял трактаты. С воцарением Петра III в 1762 г. специальный сенатский курьер привез ссыльному вельможе указ императора с приглашением вернуться в Санкт-Петербург. Миних был восстановлен во всех своих правах: вновь получил графский титул, чин фельдмаршала, ордена и другие награды. 6 мая специальным указом «вместо взятого у генерал-фельдмаршала графа Миниха на Васильевском острову каменного двора, в котором теперь Морской корпус, купя из казны за 25 000 рублей у шталмейстера Нарышкина состоящий на Адмиралтейской стороне, близ Семеновского моста, Каменный двор, отдать графу Мнниху в вечное и потомственное владение».
Во время переворота 28 июня 1762 г. Миних находился при Петре III, но потом присягнул Екатерине II. Императрица была великодушна к престарелому фельдмаршалу, помня его европейскую известность и труды на благо России. Еще при Петре III Миних просил сделать его сибирским губернатором или поручить ему дирекцию над Ладожским каналом, по только Екатерина назначила его генерал-директором над Балтийским и Нарвским портами, Кронштадтским и Ладожским каналами и Волховскими порогами, поручив ему также закончить строительство гавани в Рогервикс. В последние годы жизни Миних продолжал заниматься делами: ездил в Нарву, Ревель, заложил шлюз на Ладожском канале.
Бурхард-Христофор Миних умер 16 октября 1767 г. и похоронен возле Дерита, в принадлежавшем ему имении Лунин. Он был женат дважды. Первой его женой была Христина-Лукреция Вицлебен, скончавшаяся в феврале 1727 г. и родившая тринадцать детей, из которых выросли три дочери и сын. 18 сентября 1728 г. граф Миних женился на гофмейстерине двора цесаревны Елизаветы Петровны Барбаре-Элеоноре Мальцан, в первом браке Салтыковой, разделившей потом с супругом долгие годы ссылки.
