Бомбардировка Ходжента длилась свыше трех суток с небольшими перерывами, и среди защитников крепости воцарились страх и чувство безысходности и обреченности перед силой противника. Утром 12 августа на штурм крепостных стен устремились две колонны под командованием капитана Михайловского и ротмистра Баранова.
Солнце еще только поднялось над горизонтом, а русские солдаты, одетые в белые рубахи, уже бежали на штурм кокандской твердыни, яростно потрясая штыками и подбадривая себя громкими криками «ура».
Когда первая колонна атакующих приблизилась к стенам Ходжента, то оказалось, что штурмовые лестницы были ниже крепостных стен. Все это выяснилось в самый последний момент, но русские солдаты не отступили перед неожиданностью, а стали яростно штурмовать вражеское укрепление, проявляя недюжинную смекалку. Несмотря на отчаянное сопротивление кокандцев, рота поручика Шорохова первая взошла на гребень крепостной стены и открыла беглый ружейный огонь по метавшимся внизу воинам противника.
В это же время штурмовые роты ротмистра Баранова под непрерывным градом вражеских пуль, картечи, камней и даже бревен, бросаемых со стен защитниками Ходжента, сумели приблизиться к крепости и без всякой задержки начать штурм. Охваченные порывом атаки, не обращая внимания на гибель товарищей, русские быстро поднялись на стены и стали сбрасывать с них кокандцев.
Не давая неприятелю опомниться, солдаты Баранова спустились со стен, взломали ворота и впустили в город солдат, доставивших к воротам Ходжента легкие пушки. Как и при штурме Ташкента, в передних рядах наступающих войск был протоирей Малов, который своими словами и доблестным примером ободрял солдат, охотно слушавших его призывы.
Рассеяв нестройные ряды защитников городских ворот и проникнув внутрь крепости, русские колонны неожиданно наткнулись на новое препятствие на своем пути. Как всякий азиатский город, Ходжент имел вторую внутреннюю стену, за которую успела отойти часть кокандского гарнизона, явно не собиравшаяся сдаваться на милость победителя. Об этом свидетельствовал хаотичный оружейный огонь со стен цитадели, становившийся с каждой новой минутой все организованней и злее.
Капитан Михайловский, чья колонна первая вышла к воротам цитадели, с большим нетерпением дождался той минуты, когда сюда будут доставлены пушки и зарядные ящики, чтобы начать обстрел противника. Старые, оббитые толстыми листами железа ворота цитадели не смогли долго противостоять русским ядрам и бомбам. Не прошло и получаса, как они рухнули на землю, открывая дорогу к победе орлам генерала Перовского.
