На забайкальскую каторгу (с лишением всех прав) за объявление крестьянам раскрепощения казнили, в частности: из региона Плоцка отцов Теодора Куркевича и Гервазия Рейниса из ордена францисканцев, из Жмудзи ксендза Онуфрия Ясевича, а ксендза Адама Галкевича, также из Литовского генерал-губернаторства – за оглашение в костеле «польского манифеста», призывающего к восстанию. К каторжным работам приговаривали повстанческих капелланов и командиров (вторым, как правило, выносили смертный приговор, который затем заменяли каторгой). Одним из капелланов, прослуживших дольше всего – около десяти месяцев – был ксендз с Подляшья Леонард Шиманьский. Зимой 1864 года его взяли в плен на поле боя, «в полном одеянии жандарма-вешателя[4], с оружием и следами человеческой крови на руках; на этом бунтовщике найдена епитрахиль, также запятнанная кровью». В процессе следствия выяснилось, что оружие Шиманьский не использовал, а кровь, видимо, принадлежала раненым и умирающим, елеопомазание которых он совершал. Шиманьского осудили на двенадцать лет каторги.
Репрессии относятся, главным образом, к периоду 18611867 годов – масштабные, разнообразные (аресты, следствие, штрафы, полицейский надзор, ссылка, смертная казнь); карались не только активные участники движения, но и те, кто симпатизировал движению, а также тот, кто «знал, но не донес». Даже торжественные похороны убитого повстанца порой кваинфицировались как «преданность революции» и были чреваты наказанием – ссылкой.
Викарий прихода Порозов на Гродненщине, ксендз Владислав Байковский, летом 1863 года попал под следствие за то, что «знал, а властям не донес» о намерениях ксендза Леопольда Качиньского вступить в партию. И хотя доказать это суду не удалось, Байковский остался под подозрением, а будучи политически неблагонадежен, оказался оценен властями как личность «наносящая серьезный вред интересам государства» и в 1864 году был выслан в Гродненскую губернию на постоянное жительство под надзор полиции. В 1864 году ксендз Анджей Бартошевич из Слуцка на Виленщине был приговорен к каторге за «благоволение восстанию», а главным образом – за хранение «революционных» бумаг (а именно: воззвания Национального правительства апреля 1863 года к духовенству Литвы, одного номера подпольной газеты «Рух» и двух фотографий ссыльных), в связи с чем подозревался в связях с подпольем. Монастырь капуцинов в Лёнде на Варте был обременен коллективной ответственностью за соучастие в укрытии собрата, повстанца, отца Максима Тарейво – согласно оценке властей, крайне опасного преступника (капеллана нескольких повстанческих отрядов), в результате семь человек сослали в Сибирь. В их числе оказался также настоятель монастыря, отец Эмилиан Олтажевский, осужденный как главный ответственный за укрывание Тарейво. Сам Тарейво был пойман и казнен в Конине 19 июля 1864 года.
