Священный совет полностью признал это избрание и 13 апреля, перед своим окончательным роспуском, постановил отправить Томмази (пребывавшему на Сицилии) магистерские регалии и общеорденские архивы, что и было совершено с ведома и позволения императора — великого приора. Несколько позднее, 27 июня 1803 года, Томмази все-таки собрал генеральную ассамблею Ордена в Мессине, подтвердил свой статус и принес традиционную присягу.
Тем временем наполеоновская экспансия и вызванные ею потрясения привели к тому, что «слишком архаичный» Орден подвергся травле и разграблению практически во всей Европе. Еще в 1802 году Карл IV Испанский упразднил все четыре госпитальерских приората в своей стране, конфисковал их имущества и «взамен» основал светский орден св. Иоанна Крестителя в Испании. Великим магистром нового ордена стал сам король. В 1806–1808 годах были уничтожены семь Великих приоратов в Италии и Германии — Венецианский, Ломбардский, Германский, Римский, Барлеттский, Капуанский и Баварский (который вместе с российскими составлял англо-баварско-российский язык Ордена). В 1810–1812 годах король прусский последовал примеру испанского коллеги. Затем Державный орден лишился Великих приоратов Мессины (1825 год) и Крату в Португалии (1834 год). Остается напомнить, что еще в 1792 году шесть Великих приоратов на территории Франции были сметены революцией. Один лишь Великий приорат Богемии оставался незатронут этой катастрофой.
Борьба вокруг престола великого магистра, начавшаяся после смерти Томмази в 1805 году, привела к расколам. Полномочия главы Ордена перешли к его заместителю (поручику) — неаполитанцу бальи И. М. Гевара-Суардо. Бальи успешно занимал пост поручика великого магистра с августа 1803 года. Капитул Ордена подтвердил временные права место-блюстителя и одновременно назначил выборы нового великого магистра. Собранная в Катанье Генеральная ассамблея избрала на этот пост бальи Дж. Караччоло ди Сант-Эрамо. Однако (как и в случае с Павлом I) папский престол по ряду причин не утвердил Караччоло в магистерском сане. На это раз Орден (включая приораты России) повиновался, и, несмотря на протесты и интриги оскорбленного Караччоло, на долгое время госпитальеры остались под властью поручика-местоблюстителя, Любопытно, что позиция российских рыцарей опять оказалась отличной от позиции российского правительства, которое в 1806–1807 годах было склонно признать избрание Караччоло состоявшимся.
