Инцидент с Караччоло вызвал и вызывает немало споров. Дело в том, что среди привилегий, дарованных папами иоаннитам, было и дозволение «свободно избирать своего главу», установленное Пасхалием II в 1113 году при признании госпитальерского союза Орденом (булла «Pie Postulatio», обычно упоминаемая как документ об основании Ордена). Дозволение, о котором идет речь, предоставляло кавалерам возможность не зависеть от светских или духовных властей в проведении процедуры выборов. Недаром, предлагая нестандартную «элекцию» в 1802 году, Священный совет подчеркивал: участие папы имеет исключительный характер и не означает упразднение орденских вольностей.[60] Однако результаты свободно проведенных выборов представлялись на утверждение папе. Обычно это делалось post factum и чисто формально. И все же в принципе право папы не согласиться оставалось в силе.[61] Рыцари, избранные на магистерство, по традиции сообщали в Рим о своем избрании, еще не именуя себя великими магистрами. Это правило было в свое время соблюдено и императором Павлом.
Так или иначе, Орден остался верен канонической дисциплине. У Караччоло некоторое время находились влиятельные сторонники (в частности, при неаполитанском и российском дворах), а отсутствие «настоящего» великого магистра ослабило Орден — по крайней мере, морально. Разнообразные оппозиционные группировки, нарушая устав, стали отделяться от Ордена. В этой ситуации неудивительно и предательство Александра I — императора, великого приора межконфессиональной российской ветви госпитальеров, протектора Ордена.[62] Одним из первых проявлений недоброжелательства стала отмена привилегий нижних чинов российской армии, имеющих донатские знаки Ордена, произошедшая еще в феврале 1802 года.[63] В 1810 году Александр конфисковал казну обоих российских Великих приоратов. В 1811 году Государственный совет подтвердил это решение.[64] Командорства (включая родовые) были уничтожены, орденские здания отобраны. Незадолго до этого император обещал великому приору католического российского приората Ордена, герцогу де Серракаприола, что все останется «в прежнем состоянии», Время показало, что означало это обещание: российские кавалеры могли донашивать свои кресты. Прием новых членов, делопроизводство, организационная работа — все было остановлено. Наконец, 20 января 1817 года Александр I утвердил резолюцию Совета министров, согласно которой российская ветвь Ордена объявлялась несуществующей.
