Немаловажно и то, что Священный совет 1801–1803 годов унаследовал от Павла I почтение к изначальным орденским традициям, но отнюдь не готовность к конфессиональным экспериментам.[54] Поэтому, стремясь восстановить легитимный режим в Ордене, члены совета с легкостью решали канонические проблемы, выводя Российский некатолический приорат на периферию госпитальерских организаций. 5 ноября 1802 года, в частности, совет принял решение, исключавшее приорат из сферы действия общеорденских статутов. Отныне эта ветвь орденской корпорации стала существовать на основании учреждающего акта 1798 года и отдельного регламента, который должен был быть одобрен императором.[55] По сути дела, это было реализацией описанного выше плана нунция Литты, но с одним существенным изъятием: приорат не был выделен из орденской структуры, из «тела» Ордена; реформа его внутренней организации не освободила рыцарей-некатоликов от послушания общеорденской иерархии — от подведомственности великому магистру, Священному совету, их представителям и так далее. Так, некатолический приорат не имел права самостоятельно решать вопросы о назначении командоров (даже на родовые командорства) и принимать в свой состав новых кавалеров.
Тяжелая политическая ситуация не позволяла собрать воедино рассеянных по Европе рыцарей для проведения генеральной ассамблеи, уполномоченной совершать избрание нового великого магистра. Признавая это, Священный совет предложил в порядке исключения упрощенную процедуру: приораты по всей Европе называют кандидатов на пост великого магистра, а окончательный выбор предоставляется папе римскому. Подчеркивалось, что кандидаты должны быть католиками и принадлежать к числу обетных рыцарей.[56]
Замечательно, что позиция Священного совета плохо согласовывалась с воззрениями Александра I, настаивавшего на выборах в Санкт-Петербурге. Империя добивалась одного, Орден — другого.
Предложенный Священным советом способ выбора главы Ордена был принят приоратами[57] и папой. Без большого сопротивления с ним смирился и Александр I. В сентябре 1802 года Пий VII избрал на пост великого магистра бальи Бартоломео Русполи. Получив известие об этом, Священный совет в Санкт-Петербурге заявил о сложении своих полномочий перед новым предстоятелем.[58] Однако Русполи, полагая ситуацию в Ордене слишком тяжелой и невыгодной, отказался от магистерства.[59] Повторный выбор Пия VII, обнародованный в бреве от 9 февраля 1803 года, принес сан великого магистра кандидату, предложенному российскими иоаннитами — бальи Джованни Баттиста Томмази. Избранник принадлежал к числу мальтийских ветеранов. Непосредственного участия в «российско-орденских» событиях он непринимал.
