Структура Мальтийского ордена отличалась простотою и четкостью: высшие подразделения - 8 "языков", или наций, каждая из которых составляла великое приорство того же государства и от него получала содержание. В свою очередь, великое приорство было поделено на несколько приорств, а те - на бальяжи или командорства, состоявшие "из недвижимых имений разного рода". Владельцы таких имений, как родовых, так и принадлежавших ордену, носили титул бальи или командоров.
Священный капитул, состоявший из членов, избранных по два человека от каждого "языка", собирался для обсуждения важнейших вопросов. Обычно такие заседания происходили после обеденной молитвы. В зал вносили знамена ордена, затем члены капитула подходили по очереди к великому магистру и, целуя его руку, подавали кошельки со своим именем, в которых звенело по пять серебряных монет, называвшихся "жанетами". Сии символические кошельки означали не более и не менее как "отчуждение рыцарей от их собственности". Но не только - они же служили и решению деловых вопросов, ибо там помещались записки членов капитула с их мнениями по делам, подлежавшим обсуждению на том или ином заседании.
Во время нахождения "рыцарей церкви" на Мальте было введено такое понятие, как конвент: без особого разрешения великого магистра никто из рыцарей не мог ночевать за пределами столицы - Ла-Валлетты, то есть ночь проводилась в конвенте - общежитии. В конвенте рыцарь должен был провести ровно пять лет, и ни на день меньше (подряд или в разное время).
Продумали квартирьеры и вопрос о поддержании рыцарей-монахов в теле: в день на каждого отпускалось не менее одного фунта свежего мяса, одного графина доброго вина и шести хлебов (к сожалению, до нас не дошли данные о весе каждого такого хлеба). Когда же иоанниты постились (а номинально многие из них все же считались монахами), то мясо заменяли таким же количеством рыбы и яйцами.
Необходимо сказать, что рыцари, находясь на Мальте, не только исправно питались и не менее истово молились. Они совершали и своеобразный искус: "караван". Борясь против "магометанского исчадия", иоанниты обучались военному делу и должны были не менее двух с половиной лет проплавать на
орденских галерах, что и называлось "совершать караван".
После того как новициат удовлетворял требованиям, предъявлявшимся к нему строгими орденскими статутами, его принимали в ряды рыцарей Мальтийского ордена с соблюдением соответствующих торжественных ритуалов. Еще до посвящения в рыцари кандидат принимал обет послушания, целомудрия и бедности, давал клятву отдать свою жизнь за Иисуса Христа, за знамение животворящего креста и за своих друзей, исповедующих католическую веру. Отсюда вытекало, что рыцарь Мальтийского ордена не только не мог жениться, но и не имел права пользоваться услугами по хозяйству в своем доме родственницы, рабыни или невольницы моложе 50 лет. Получив рекомендации кого-либо, имевшего рыцарское звание, и подтвердив свое благородное происхождение, новициат ждал того дня, когда состоится его посвящение в рыцари Мальтийского ордена.
