Первым же подвигом, совершенным рыцарями-монахами во славу христианского оружия, явилась помощь императорскому флоту в овладении африканской крепостью Галета, важного форпоста в Средиземноморье.
По мнению западных исследователей, наивысшего расцвета Мальтийский орден достиг во времена великого магистра Жана де Ла-Валлетта (1557-1568 гг.). В этот период госпитальеры отразили довольно длительную осаду турок, войско которых состояло из 40 тысяч отборных янычар. Иоанниты сумели выставить против них всего 700 рыцарей и около 8 тысяч солдат. Четыре месяца подряд мусульмане штурмовали орденскую столицу, но безрезультатно. Потеряв убитыми и ранеными больше половины своей армии, турки откатились. Потери рыцарей составили 240 кавалеров и 5 тысяч солдат.
Блестящая победа опьянила монахов-рыцарей. Прежняя воинская дисциплина ослабевает, возникают конфликты между рыцарями отдельных "языков". Великий магистр, невзирая на свой авторитет, не в состоянии обуздать междоусобицы и вместо беспристрастного решения спорных вопросов принимает сторону сильнейших. Все это отзывается и на низших сословиях, благосостояние которых резко ухудшается. В довершение всего увеличивается число столкновений, вызванных вмешательством инквизиции во внутренние дела госпитальеров. В период правления великого магистра де Ла-Кассиера (1572-1581 гг.) патентами на звание рыцаря ведали инквизиторы, назначавшиеся на Мальту римской курией. В начале XVII в. озлобление иоаннитов против культивировавшего симонию инквизитора достигло предела, и он едва не поплатился жизнью за свое высокомерие, стяжательство и вмешательство в рыцарские дела.
Несмотря на внутренние распри, раздиравшие орден, мальтийцы не забывают о важном источнике своих доходов - грабительских походах. Так, они завоевывают Коринф, Лепанто и Патрос, но по Вестфальскому миру 1648 г., закрепившему и усилившему политическую раздробленность Германии, отчуждаются их земельные угодья и имущество в германских землях. А более чем через полторы сотни лет после упомянутых завоеваний в истории Мальтийского ордена начинается его "российский период", о котором мы уже вкратце поведали читателю.
Ко времени нахождения иоаннитов на Мальте их прежняя внутренняя структура стабилизировалась. Законодательная власть принадлежала генеральному капитулу - он же избирал и великого магистра. Исполнительные органы - великий магистр и состоящий при нем совет (consiglio ordinato), финансы ордена находились в ведении особой камеры. Великий магистр избирался пожизненно и утверждался понтификом, полномочия высшего иерарха ордена были весьма обширными. После смерти Павла I процедура, связанная с главой ордена, была изменена: папа назначал руководителя этого института с менее почетным саном - лейтенанта великого магистра. Однако 28 марта 1871 г. папской буллой прежний титул великого магистра был дарован лейтенанту барону фра Жану Батисту Чесчи а Санта-Кроче.
