Однако "рыцари церкви" и сами не собирались долго делить этот остров с его обитателями, они тоже давно лелеяли надежду обрести государственную самостоятельность. Внимание госпитальеров не мог не привлечь остров Родос, занимавший центральное положение в Эгейском море. В 1307 г. под предводительством великого магистра Фалькона де Вилларета с помощью вездесущих генуэзцев рыцарская "братия" атаковала Родос. Целых два года островитяне оказывали пришельцам ожесточенное сопротивление, но силы были слишком неравны, и родосцы сложили оружие.
С момента сдачи Акры госпитальеры оставались "бездомными". Но высадка на Родосе вновь вселила надежду: суверенный и в относительной безопасности орден имел возможность беспрепятственно продолжать свою деятельность; подчинявшийся только понтифику, он мог теперь заняться необходимой внутренней реорганизацией. Находясь на острове, иоанниты вспомнили и о своей первоначальной миссии - уходе за больными и ранеными. Получая огромные доходы от своих европейских владений, "рыцари церкви" начали на Родосе и прилегающих островах строительство укреплений, создав первую линию обороны. Прекрасно оснащенный и оборудованный орденский флот контролировал важнейшие коммуникации в Эгейском море.
Не избегали госпитальеры и прямых столкновений со своими извечными врагами - турками. Так, в 1345 г. орден оккупировал часть Малой Азии, изгнав мусульман из Смирны. Вместе со своими христианскими союзниками иоанниты в 1365 г. участвовали в захвате Александрии и учиненной в этом городе безжалостной резне.
Целых 200 лет орден считался передовым рубежом католической Европы на Востоке. В 1453 г. пал Константинополь, а в 1480 г. турки напали на Родос, однако рыцари-монахи выстояли, что позволило говорить об ордене как о "непобедимом братстве".
И вот новый "наместник аллаха на земле", султан Сулейман Великолепный, торжественно поклялся изгнать иоаннитов с Родоса - "сатанинского убежища гяуров".
В 1552 г. турецкая армада в 200 тысяч человек на 700 судах обрушилась на Родос. Рыцари сопротивлялись целых три месяца, прежде чем великий магистр Филипп Вилье де Лиль Адан сдал свою шпагу Сулейману. Султан обошелся с побежденными более чем великодушно: предоставил свободу, предложил помощь при эвакуации с острова и вручил свою охранную грамоту.
Уже в который раз орден св. Иоанна Иерусалимского остался без убежища. Семь лет странствовала монашеско-рыцарская братия, "осчастливив" своим пребыванием Чивитавеккья, Крит, Мессину, Витербо, Ниццу. Император "Священной Римской империи" Карл V не оставил госпитальеров без внимания: он предложил им острова Мальту, Гоцо и Комино, прославленные чудесами апостола Павла. В октябре 1530 г. корабли "рыцарей церкви" бросили якоря в Кастела Маре и Биргу, недалеко от пирса Большой гавани. Получив в ленное владение Мальтийский архипелаг, иоанниты дали клятву продолжать борьбу против мусульман и морских разбойников.
