Во исполнение нового императорского приказа Сенявин отправил находившиеся в его распоряжении суда Черноморского флота (5 линейных кораблей, 4 фрегата, 4 корвета и 4 брига) и 20 захваченных судов под командованием капитан-командора Салтанова в Севастополь. Эскадре капитан-командора Баратынского, находившейся в Венеции, было приказано идти в Балтику. 19 сентября эскадра Сенявина, в числе десяти линейных кораблей и трех фрегатов, вышла из Корфу для следования в Россию. Сенявин был предупрежден о возможности войны с Англией, которая и разразилась вскоре (1807–1812).
28 октября 1807 г. русская эскадра, выдержав по пути жесточайший шторм, который очень сильно повредил корабли, пришла в Лиссабон. Вряд ли кому-либо из русских адмиралов приходилось бывать в столь сложном и опасном положении, в каком очутился Сенявин во время лиссабонского «сидения». Английская эскадра блокировала Лиссабон с моря. Сам же Лиссабон в конце ноября 1807 г. был занят французскими войсками под командой генерала Жюно. Сенявин оказался между двух огней. Требовалось исключительное дипломатическое искусство, чтобы сохранить русскую эскадру. Наполеон стремился использовать русские корабли для борьбы против Англии. Русский царь Александр I послал указ Сенявину, в котором ему предлагалось исполнять все предписания, «которые от его величества императора Наполеона посылаемы будут». Сенявин, крайне неприязненно относившийся к Тильзитскому миру и к «дружбе» России с Наполеоном, сумел сохранить русскую эскадру от посягательства со стороны Наполеона. Хотя адмирал и имел повеление состоять в полном распоряжении Наполеона, но счел необходимым отказаться от предложения Жюно выйти в море и атаковать английскую эскадру, которая была слабее русской.
В августе 1808 г. английские войска, разбив Жюно, вошли в Лиссабон. Англичане понимали, что русская эскадра на сдачу не пойдет и что предстоит кровавый бой. Не имевшие сведений об истинном состоянии сенявинских кораблей, но хорошо осведомленные о славных победах русского флота, — как за прошедшие два десятилетия, так и о самых свежих, — англичане не «лезли на рожон», хорошо понимая — какую большую цену им предстоит заплатить за «нейтрализацию» российской эскадры. Теперь уже российский флот уступал по количественному составу флоту «владычицы морей», блокировавшего Лиссабон, но подготовка русских моряков в тот момент была на недосягаемой высоте. Да и явно неприязненные отношения между Сенявиным и французами, а также понимание неизбежности будущего антинаполеоновского союза явно охлаждали головы британских адмиралов, в отличие от британского общества, требующего «утопить русских в их крови». Поэтому английский адмирал Коттон вынужден был пойти на переговоры и 23 августа подписать с Сенявиным особую конвенцию. Согласно этой конвенции русская эскадра должна была отправиться в Англию и находиться там до заключения мира между Англией и Россией, после чего возвратиться в Россию. 31 августа 1808 г. эскадра Сенявина под русским флагом вышла из Лиссабона и 27 сентября 1808 г. прибыла на портсмутский рейд. Правительство Англии утвердило условия конвенции, согласившись с доводами и оправданиями Коттона, который по этому случаю писал: «Да будет честь, оказанная русскому флагу перед лицом Британии, повелительницы морей, жертвой признательности англичан русскому народу». Насколько велико было почтение англичан к русской эскадре говорит тот факт, что просьбу— не поднимать свой флаг в британских водах (в состоянии войны, как никак!), Сенявину адресовал лично король Англии!!!
