В 1800 г. распалась антифранцузская коалиция, в которую входила и Турция. Более того, последняя стала даже вынашивать план заключения союза с Наполеоном, а французские военные специалисты стали постоянными гостями на берегах Босфора, подготавливая турков к грядущей войне со своей извечной соперницей. В этой обстановке Россия вынуждена была еще больше укреплять свои позиции на Черном и Средиземном морях. Возросло значение Республики Ионических островов, созданной Ф.Ф. Ушаковым. Она должна была стать центром оказания помощи национально-освободительному движению балканских народов и базой для действия русского флота и сухопутных войск на Средиземном театре боевых действий.
В сентябре 1805 г. из Кронштадта в Архипелаг отправилась эскадра из пяти линейных кораблей и фрегата. Ее возглавлял вице-адмирал Д.Н. Сенявин, назначенный главнокомандующим всеми морскими и сухопутными силами России на Средиземном море. В январе 1806 г. эскадра прибыла на Корфу, где уже находились две другие балтийские эскадры, а также пехотная дивизия и несколько черноморских корабельных отрядов.
Однако после поражения русско-австрийской армии под Аустерлицем в ноябре 1805 г., оказавшись перед угрозой вторжения Наполеона в Россию, Александр I отдал приказ вернуть из Средиземноморья все русские войска, оставив лишь небольшие силы на острове Корфу. Приказ царя пришел с большим опозданием: лишь в марте 1806 г., когда Сенявин уже развернул активные боевые действия против французов в Адриатике и добился значительных успехов. Свое повеление об оставлении Средиземноморья царь вскоре отменил, и Вторая Архипелагская экспедиция русского флота продолжалась.
Боевые действия эскадры в Адриатическом море под руководством вице-адмирала Д. Н. Сенявина продолжались до конца 1806 г. и оказали существенное влияние на стратегическую обстановку на Средиземном море и в Юго-Восточной Европе, так как не позволили Наполеону захватить Ионические острова и проникнуть в глубь Балканского полуострова.
В конце 1806 г. обстановка на Средиземном море для флота России значительно ухудшилась. Турция под давлением Наполеона 18 декабря 1806 г. объявила войну России, рассчитывая на то, что Франция поможет ей в захвате Крыма и российских владений в Закавказье.
Оставив на острове Корфу часть флота для обороны Ионических островов и действий на морских коммуникациях французов в Адриатическом море, адмирал Сенявин с эскадрой, состоящей из 10 линейных кораблей и одного фрегата, 10 февраля 1807 года направился к Дарданеллам. Учитывая изменившуюся обстановку, Сенявин поставил перед флотом задачу установить блокаду Дарданелл с целью лишить Константинополь подвоза продовольствия со стороны Средиземного моря, принудить турецкий флот к решительному сражению и разгромить.
