Одновременно существенно были сокращены полномочия Президиума Верховного Совета. Главная его функция сводилась к обеспечению организации работы Верховного Совета.
Менялся и принцип формирования Президиума Верховного Совета. Отныне он не избирался Верховным Советом, в его состав входили по должности: председатель Верховного Совета, первый заместитель и заместитель председателя, председатель Комитета народного контроля, председатели постоянных комиссий Верховного Совета. Однако по Закону от 12 апреля 1990 г. его полномочия были несколько расширены, поскольку намерения превратить Верховный Совет в постоянно действующий орган оставались невыполненнными[129].
Следующими шагами на пути трансформирования кыргызского парламента стали Законы от 24 октября 1990 г.[130] и от 14 декабря 1990 г.13 Особенно важным было учреждение поста Президента – оно знаменовало начало процесса ограничения полновластия парламента. Это нашло отражение в предоставлении Президенту права подписывать законы и при необходимости возвращать принятые законы в Верховный Совет со своими замечаниями. Верховный Совет оставался высшим органом государственной власти в республике, отлагательное вето Президента могло быть преодолено, но все же он попадал в некоторую зависимость от Президента. Сократились полномочия Президиума Верховного Совета, часть их перешла к Президенту.
В ходе начавшихся в годы перестройки демократических процессов Верховный Совет в целом занимал прогрессивные позиции, выказал тенденции к собственной независимости, повышению своей роли. Особенно это проявилось после первых демократических выборов Верховного Совета, состоявшихся 25 февраля 1990 г. Уже первая сессия Верховного Совета нового состава, хотя на ней, по словам А. Эркебаева, «господствовал правовой беспредел и партийно-номенклатурный диктат»[131], выявила определенное «непослушание», выразившееся, вопреки установившейся традиции, в активности депутатов при утверждении повестки дня сессии, выдвижении альтернативных кандидатур при выборах Председателя Верховного Совета, его заместителей, при утверждении состава Совета Министров, при обсуждении внесенных в повестку дня сессии законопроектов.
Еще большую строптивость проявил Верховный Совет во время второй сессии, накануне которой в нем обозначились два течения: партийно-номенклатурное и демократическое; соответственно на первом заседании сессии были зарегистрированы две депутатские группы. По оценке А. Эркебаева, «атмосфера раскованности, стремление говорить правду, поиск выхода из положения, конструктивизм»
