Как всегда, когда церковь обнаруживала новую ересь, инквизиция, чтобы отяготить вину тамплиеров, не довольствовалась констатацией их собственных (сочиненных в данном случае ею же самою) еретических заблуждений, но приписывала им крамольные верования других еретических учении, осужденных ранее церковью. В частности, тамплиеры обвинялись в том, что они разделяли заблуждения манихеев, гностиков и других еретиков прошлого. Хотя некоторые из арестованных и в этом признались, вряд ли следует доказывать, что в их признаниях, полученных в результате деятельности палача, имелась хоть какая-то доля истины.
Папа Климент V одобрил действия французской инквизиции, потребовав только отдать их имущество под контроль двух кардиналов, надеясь, не без основания, урвать себе соответствующую долю. Филипп не возражал, учитывая, что предложенные папой кардиналы были, как и он сам, его креатурами.
Получив таким образом определенную гарантию, что он будет участвовать в разделе богатств тамплиеров, Климент V 22 ноября 1307 г., т. е. до окончания следствия по делу, издал буллу «Pastoralis praeminentiae», в которой брал под защиту действия Филиппа и утверждал, что обвинения против ордена доказаны, а его руководители сознались в совершенных преступлениях. Булла заканчивалась призывом ко всем государям Европы последовать примеру Филиппа и начать преследование ордена.
Однако несколько месяцев спустя Климент V, по-видимому опасаясь, что Филипп оставит его без обещанной награды, неожиданно запретил французским инквизиторам и епископам продолжать следствие по делу тамплиеров, присвоив лично себе дальнейшее его ведение. Такое поведение папы, пытавшегося набить себе цену, вызвало ярость Филиппа. Он обвинил главу католической церкви в потворстве еретикам, что было равносильно обвинению в ереси.
Действуя через инквизитора Франции, Филипп заставил гроссмейстера Молэ и четырех руководителей ордена выступить перед высшими церковными иерархами Франции с самообвинением в ереси. Молэ вновь подтвердил, что тамплиеры тайно отрекались от Христа и плевали на крест. Его заставили обратиться с новым посланием к тамплиерам, в котором он освобождал их от сохранения тайны и приказывал, в силу обета послушания, «чистосердечно» признаться инквизиторам и своих преступных еретических заблуждениях.
Вслед за этим последовали новые переговоры Филиппа с Климентом V. Они согласились передать конфискованное у тамплиеров имущество в распоряжение папских и королевских комиссариев, до вынесения приговора. Филипп надеялся, что в конечном итоге ему удастся окончательно присвоить сокровища тамплиеров. Папа же считал, что такое соглашение даст ему возможность получить немалую часть этих сокровищ. Соглашение предусматривало также, что арестованные королем тамплиеры поступят в распоряжение папы и их будут судить инквизиторы вместе с епископами; судьбы гроссмейстера Молэ и других иерархов ордена взялся решить сам Климент V. Осуждение и роспуск ордена было намечено осуществить в соборе, созвать который предполагалось в 1310 г. Кроме этого, Филипп разрешил, чтобы 72 «сознавшихся» обвиняемых во главе с Молэ были допрошены лично папой и кардинальской коллегией.
