Однако преследование тамплиеров, по-видимому, встретило в среде церковной иерархии и феодалов значительное сопротивление. Поэтому папа был вынужден лавировать. 12 августа 1309 г. он создал под председательством Нарбонского архиепископа комиссию, перед которой арестованные тамплиеры получили возможность выступить в защиту своего ордена. Гроссмейстер Молэ и другие руководители тамплиеров, ссылаясь, что они подсудны только папе и недостаточно квалифицированны выступать в роли адвокатов своего ордена, отказались дать показания комиссии. Но среди рядовых тамплиеров нашлись более мужественные люди, чем их вожди. Многие из них отреклись перед комиссией от показаний, вырванных у них угрозами и пытками.
Между тем рассерженный вызывающим поведением некоторых арестованных, разоблачивших перед комиссией Нарбонского архиепископа преступные действия инквизиции, силой вырвавшей у них позорящие орден показания, Филипп решил прекратить дальнейшую возню вокруг дела тамплиеров. С папского согласия он приказал собрать поместные соборы для вынесения приговора тамплиерам. 10 мая 1310 г. открылся Санский собор в Париже под председательством архиепископа Филиппа де Маринье, брата королевского министра Энгеррана, доверенного человека короля. Собор объявил отказавшихся от своих прежних показаний и настаивавших на своей невиновности тамплиеров еретиками, повторно впавшими в ересь, и повелел комиссии Нарбонского архиепископа без промедления предать их огню. Хотя представители комиссии пытались отсрочить казнь, в тот же день 54 тамплиера, провозгласивших себя невиновными в ереси, были посажены на телеги и отвезены в поле рядом с монастырем св. Антонио, где их предали мучительной смерти на медленном огне. К чести казненных следует сказать, что ни один из них не пожелал ценой нового «признания» в ереси спасти себе жизнь. Через несколько дней собор предал огню еще четырех упорствовавших тамплиеров. Другие поместные соборы тоже не бездействовали: Реймский собор сжег девять тамплиеров, в Пон де л’Арке сожгли троих, несколько «упорствующих» было казнено в Каркассоне.
Одновременно с этими казнями соборы примиряли с церковью и выпускали на свободу тех тамплиеров, которые, признавшись в ереси, отрекались от нее. Таких было подавляющее большинство.
Однако если Филиппу и его креатуре Клименту V удалось с помощью инквизиции во Франции пытками и террором «доказать» виновность ордена в ереси, в других христианских странах столь же «веских» доказательств добыть не удалось. Христианские князья с большой неохотой преследовали тамплиеров, прекрасно отдавая себе отчет в том, что орден неповинен в приписываемых ему преступлениях. В Англии первоначально не было собрано никаких изобличающих орден в ереси улик. Тогда Климент V настоял на применении пыток против тамплиеров. Король Эдуард II, которому предстояло жениться на сестре Филиппа Красивого, согласился на применение пыток, и хотя таким образом были собраны «улики» против ордена, его членам все-таки сохранили жизнь. В Германии и других странах только после угроз со стороны Климента V против тамплиеров применялись пытки, однако в очень редких случаях посылали их на костер.
