На месте кельи, в которой Прохору было видение Богородицы и даровано чудесное исцеление, построили больницу с церковью во имя чудотворцев Зосимы и Савватия Соловецких. В одном из приделов нашел место алтарный столик, который послушник Прохор собственноручно смастерил из древесины кипариса. В последующее время, после освящения придела, он практически постоянно принимал причащение в этой церкви.
В течение восьми лет Прохор послушничал в Саровской пустыни, до тридцати двух лет. Такой возраст считается началом зрелости, а для него он обозначил начало монашеского пути.
13 августа 1786 года Прохором Мошниным был принят иноческий постриг и при посвящении получено новое имя — Серафим (Пламенный). Спустя год монаха Серафима рукоположили в иеродиакона. И Господь продолжал утешать и укреплять его в подвигах благочестия чудесными видениями. Серафиму иногда являлись святые ангелы при церковных служениях. А однажды на Страстной неделе в храме, когда шла Божественная литургия Великого четверга, узрен им был Иисус Христос, как пишет святитель Дмитрий Ростовский в «Житиях святых», «во образе Сына Человеческого во славе, сияющего, светлее солнца, неизреченным светом и окруженного, как бы роем пчел Небесными Силами: ангелами, архангелами, херувимами и серафимами. От западных церковных врат шел Он по воздуху, остановился против амвона и, воздвигши руки Свои, благословил служащих и молящихся. Затем Он вступил в местный образ близ царских врат».
На тридцать девятом году жизни отец Серафим был рукоположен в иеромонаха и спустя некоторое время добровольно стал жителем пустыни. Он поселился в небольшой келье среди густого соснового леса, в нескольких километрах от обители, куда приходил лишь в субботние дни — ради причащения. Но и высоким подвижничеством не был он огражден от нападения разбойных людей. Грабители, повстречав его в лесу, стали требовать денег, которые он якобы получает от мирян, его посещающих. Серафим отвечал, что денег не имеет никаких, и был яростно избит злыми людьми. И хотя он обладал недюжинной телесной силой и держал топор в руке (перед появлением разбойников он занимался рубкой дров), Серафим не стал сопротивляться вовсе, помня слова Иисусу Христа о том, что все, кто взял меч, от меча и погибнут.
Он всю ночь пролежал в беспамятстве в своей келье, доползя до нее с великим трудом. Наутро кое-как поднялся и доковылял до обители, где ему пришлось остаться. Страдания его были жестоки настолько, что он не мог принимать ни воду, ни пищу, и так продолжалось восемь дней. Осмотревшие его врачи удивились, что он вообще выжил. Избивая отца Серафима, грабители проломили ему голову, сломали несколько ребер, все его тело было покрыто жестокими ранами. И вот он снова «забылся и уснул тонким, легким, спокойным сном», в котором ему были явлены Богородица Пресвятая и апостолы Петр и Иоанн Богослов, как и тогда, когда он страдал водянкой. Божья Матерь прикоснулась к голове преподобного Серафима, и ему было даровано выздоровление.
