Между тем игумен Гермоген внял таки наветам некоторых иноков на затворника Иринарха и изгнал его из обители. Старец снова отправился в ростовский Лазаревский монастырь и, поселившись, проживал там в течение года и двух недель, все это время постоянно постясь и молясь и помышляя про смертный час. Тем временем и Гермоген усиленно молился, переживая из-за своего поступка. Неглупый человек, он тем не менее не мог противостоять коллективному внушению и сдерживать порывы гнева. Однако молитвы помогли ему осознать собственную несправедливость, и Гермоген, усмирив гордыню, принес покаяние перед монашеской общиной и отправил инока в Ростов звать Иринарха назад, попросив у старца прощения.
По Житию блаженного старца, инок, которого послал игумен Гермоген, пришел в обитель святого Лазаря и сказал Иринарху:
— Отче, не помяни нашей вины пред тобой, пойди на свое обещание, в наш монастырь, ко святым страстотерпцам Борису и Глебу. Не мы, они в своем монастыре хозяева. Они тебя призвали в свой монастырь, не нам тебя изгонять.
Вернувшись в Борисоглебскую обитель, исполненный кроткого духа старец Иринарх поселился в той же самой келье и снова отяготил тело свое оставленными тяжестями. И снова бесконечными молитвами и трудами были исполнены дни его.
В это же самое время был предан смерти Лжедмитрий. Вот и отступили времена смуты, подумалось многим. Иринарху же привиделась во сне страшная картина: пожар пылает по всему царству, Москва занята врагом, церкви Божии разорены… Пробудившись, старец заплакал от того ужаса, какой он увидел. И тут сияющий свет наполнил келью его, и услышал Иринарх голос: «Поди к Москве и поведай, что все так будет!»
Невозможно было не исполнить повеления свыше, старец через учеников своих позвал игумена и рассказал ему, что было ему явлено видение страшное и глас чудесный. Игуменом было повелено Иринарху оставить затвор и без промедления отправляться в Москву, дабы возвестить царю Василию Иоанновичу (Шуйскому), что грядет нашествие Литвы на Русское царство.
В долгом пути до Москвы старца Иринарха сопровождал ученик его Александр, который и засвидетельствовал, что они прибыли в первопрестольную на рассвете. Затем долго молились в соборной церкви Успения Пресвятой Богородицы.
Тем временем царь был извещен про приезд великого затворника. Появление Иринарха в Москве сильно удивило Василия Иоанновича, желая знать, что его привело, он повелел, чтобы старца привели в Благовещенский собор, после чего направился туда сам. Придя в собор, старец помолился Пресвятой Богородице, благословляя его, осенил царя честным крестом и поцеловал. Василий Иоаннович тоже поцеловал Иринарха, поразившись многим тяжестям, что старец на себе нес. И осведомился, какая надобность побудила его оставить затвор. Согласно его Житию, Иринарх отвечал такими словами:
