Но главной заботой оставались отношения с Москвой, которые все усложнялись. Казимиру удавалось какое-то время избегать столкновений с Москвой. Отец Александра умел изворачиваться, ладить, гасить возникавшие споры, хотя Иоанн московский с подозрительностью смотрел в сторону Великого княжества Литовского. Ему не нравился его союз с Польшей, и он всерьез помышлял о том, чтобы слить Западную Русь и Литву с Московским государством. Эта его мысль созревала, постоянно крепла и никогда не оставляла московского властителя. С 1486 г. участились порубежные конфликты, когда русские воеводы напали и разграбили Любутск, Мценск и Вяземское княжество. В мае 1492 г. Иоанн направил к Казимиру посла с программой территориальных претензий, но тот возвратился назад, узнав о смерти польского короля и великого князя литовского. Александр унаследовал положение, которое он назвал ни войны, ни мира. Иоанн предлагает мир, но требует городов и земель, коими завладел Витовт. А Великое княжество требовало у Москвы Великих Лук и даже Новгорода. С обеих сторон воочию проявлялось открытое недоброжелательство друг другу, стремление вредить тайно и явно. Вот и сейчас из Москвы приходят вести, что Иоанн в боярской Думе заявил о своей долговременной политической программе:
— Поскольку Великое княжество Литовское и Польша разъединились, Москва может проще, легче добиться нашей главной цели — присоединения западнорусских земель, которыми владеет сейчас Литва, — заявил московский князь своим боярам.
И едва умер Казимир, а великим князем был провозглашен Александр, Иоанн тотчас обнаружил свои намерения. Военачальники его, князь Федор Оболенский и князь Одоевский, заняли Рогачев и несколько других городов Белой Руси. Началась первая открытая война Московского государства за так называемую «отчину» — восточнославянские земли, входившие в состав Великого княжества Литовского. Осенью 1492 г. русские войска начали большое наступление, хотя официально война Литве была объявлена только в начале следующего года. Зимой 1492–1493 гг. они, наступая в двух направлениях, захватили Масальск, Мезецк, Серпейск, Перемышль, Городечно, Дмитров, несколько волостей в Смоленской земле. Один из лучших московских военачальников Даниил Щеня занял Вязьму, что явилось для Литвы серьезной потерей. России сдались князья Андрей и Василий Белевские, Михаил Мезецкий, Андрей Вяземский, Симеон и Иван Воротынские. Но энергичному Семену Можайскому удалось защититься. Хорошо подготовился к обороне смоленский наместник Георгий Глебович. Его поддержали собранные усилиями великого князя войска под началом новогрудского наместника Георгия Паца.
